Die OVA "Panzer Dragoon" basiert auf dem gleichnamigen Videospiel und spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit von einer mysteriösen, technologisch fortschrittlichen Zivilisation namens "The Ancients" geprägt wurde. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Kyle Fluge, einen einsamen Jäger, der in einer Wüstenregion lebt. Während einer Mission stößt Kyle auf ein seltsames, fliegendes Wesen, einen Drachen, der von einer jungen Frau namens Azel begleitet wird. Azel ist ein künstliches Wesen, geschaffen von den Ancients, und trägt ein Geheimnis in sich, das die Zukunft der Welt beeinflussen könnte.

Kyle und Azel werden von einer mächtigen Organisation namens "The Empire" verfolgt, die die Technologie der Ancients für ihre eigenen Zwecke nutzen will. Das Empire hat es auf Azel abgesehen, da sie der Schlüssel zur Kontrolle über die alten Technologien ist. Während ihrer Flucht entwickelt Kyle eine enge Bindung zu dem Drachen, der sich als lebendige Waffe der Ancients entpuppt. Zusammen kämpfen sie gegen die Streitkräfte des Empire und entdecken dabei nach und nach die Wahrheit über Azels Herkunft und die Ziele der Ancients.

Die Handlung ist geprägt von einer düsteren Atmosphäre und thematisiert die Beziehung zwischen Mensch und Technologie sowie die Folgen von Machtmissbrauch. Kyle, anfangs ein Einzelgänger, findet durch seine Begegnung mit Azel und dem Drachen einen tieferen Sinn in seinem Leben. Azel selbst steht im Mittelpunkt der Konflikte, da sie sowohl als Werkzeug als auch als eigenständiges Wesen mit Gefühlen und einem Willen dargestellt wird. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer mit Fragen über die Zukunft der Charaktere und der Welt zurücklässt.