"God Eater Prologue" (OVA) spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit durch mysteriöse Kreaturen, bekannt als Aragami, an den Rand der Auslöschung gedrängt wurde. Diese monströsen Wesen sind nahezu unzerstörbar und ernähren sich von allem, was ihnen in den Weg kommt. Um gegen diese Bedrohung zu kämpfen, wurde die Organisation Fenrir gegründet, die speziell ausgebildete Kämpfer, sogenannte God Eater, einsetzt. Diese Krieger sind mit lebendigen Waffen, den God Arcs, ausgestattet, die aus den Zellen der Aragami hergestellt werden und die einzige Möglichkeit darstellen, die Kreaturen zu besiegen.

Die Handlung konzentriert sich auf Lenka Utsugi, einen jungen Rekruten, der sich den God Eatern anschließt, um die Aragami zu bekämpfen und die Menschheit zu retten. Lenka wird in die erste Einheit von Fenrir aufgenommen, die von der erfahrenen God Eaterin Alisa Ilinichina Amiella angeführt wird. Alisa ist eine rätselhafte und distanzierte Figur, die aufgrund ihrer Vergangenheit und ihrer Verbindung zu den Aragami mit inneren Konflikten kämpft. Zusammen mit anderen Mitgliedern der Einheit, darunter der pragmatische Soma Schicksal und die fürsorgliche Tsubaki Amamiya, muss Lenka lernen, mit den Herausforderungen des Kampfes gegen die Aragami umzugehen und seine Rolle als God Eater zu finden.

Die OVA dient als Einführung in die Welt von "God Eater" und legt den Grundstein für die Konflikte und Charakterdynamiken, die in der späteren Serie weiterentwickelt werden. Sie zeigt die brutale Realität des Überlebenskampfes der Menschheit sowie die moralischen und emotionalen Dilemmata, mit denen die God Eater konfrontiert sind. Die Handlung betont die Spannung zwischen Hoffnung und Verzweiflung, während die Charaktere versuchen, in einer Welt zu bestehen, die von Chaos und Zerstörung geprägt ist.