"Babel's Book" ist ein Anime-Film, der in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit von einer mysteriösen Krankheit bedroht wird, die als "Babel-Syndrom" bekannt ist. Diese Krankheit führt dazu, dass die Betroffenen ihre Sprache verlieren und schließlich in einen vegetativen Zustand verfallen. Die Regierung hat eine strikte Kontrolle über die Gesellschaft errichtet, um die Ausbreitung der Krankheit zu verhindern, und überwacht jeden Aspekt des Lebens der Bürger.

Die Hauptfigur des Films ist Aya, eine junge Linguistin, die in einem geheimen Forschungsinstitut arbeitet. Aya ist mit der Aufgabe betraut, das "Buch von Babel" zu entschlüsseln, ein uraltes Manuskript, das angeblich den Schlüssel zur Heilung des Babel-Syndroms enthält. Das Buch ist in einer unbekannten Sprache geschrieben, die niemand zu entziffern vermag. Aya wird von ihrer Vergangenheit geplagt, da ihre Mutter ebenfalls an der Krankheit erkrankt war und sie daher ein persönliches Interesse daran hat, das Rätsel zu lösen.

Während ihrer Forschung stößt Aya auf eine Gruppe von Widerstandskämpfern, die gegen die Unterdrückung durch die Regierung kämpfen. Diese Gruppe glaubt, dass das Babel-Syndrom ein von der Regierung geschaffenes Konstrukt ist, um die Bevölkerung zu kontrollieren. Aya wird in die Aktivitäten der Gruppe hineingezogen und muss sich zwischen ihrer Loyalität zur Regierung und ihrem Wunsch, die Wahrheit ans Licht zu bringen, entscheiden.

Im Laufe des Films enthüllt Aya nach und nach die Geheimnisse des Buches von Babel. Sie entdeckt, dass die darin enthaltene Sprache eine Form der universellen Kommunikation ist, die über die Grenzen der menschlichen Sprache hinausgeht. Diese Erkenntnis führt zu einer Reihe von Konflikten, sowohl innerhalb der Widerstandsgruppe als auch mit den Vertretern der Regierung, die alles daran setzen, die Entdeckung zu unterdrücken.

Der Film endet mit einem offenen Finale, in dem Aya vor der Entscheidung steht, ob sie das Wissen aus dem Buch der Welt zugänglich machen soll, was möglicherweise die Gesellschaft grundlegend verändern würde, oder ob sie es für sich behält, um weitere Konflikte zu vermeiden. Die Handlung wirft Fragen nach der Natur der Sprache, der Macht der Kommunikation und den ethischen Implikationen wissenschaftlicher Entdeckungen auf.