"Web Ghost PiPoPa" ist eine Anime-Serie, die in einer Welt spielt, in der das Internet und digitale Technologien eine zentrale Rolle im Alltag der Menschen einnehmen. Die Handlung dreht sich um drei Schüler – Haruka, Aoi und Yū –, die zufällig auf mysteriöse digitale Wesen stoßen, die als "Web Ghosts" bekannt sind. Diese Wesen existieren im Cyberspace und haben die Fähigkeit, in die reale Welt einzugreifen. Die drei Protagonisten erhalten spezielle Geräte, sogenannte "PiPoPa-Geräte", die es ihnen ermöglichen, mit den Web Ghosts zu interagieren und sie zu bekämpfen.

Die Web Ghosts sind oft das Ergebnis von negativen Emotionen oder Daten, die im Internet verstreut sind, und können sowohl harmlos als auch gefährlich sein. Haruka, Aoi und Yū schließen sich zusammen, um diese Wesen zu erforschen und zu kontrollieren, wobei sie gleichzeitig versuchen, die Ursprünge und Absichten der Web Ghosts zu verstehen. Im Laufe der Serie treffen sie auf verschiedene Arten von Web Ghosts, die unterschiedliche Herausforderungen darstellen und oft mit persönlichen Konflikten oder gesellschaftlichen Problemen verbunden sind.

Die Charaktere entwickeln sich im Verlauf der Serie weiter, während sie lernen, mit ihren eigenen Ängsten und Schwächen umzugehen. Haruka ist ein optimistischer und neugieriger Junge, der oft impulsiv handelt, während Aoi eine ruhige und analytische Persönlichkeit ist, die sich auf Strategie und Logik verlässt. Yū, die dritte im Bunde, ist eine technikbegeisterte Schülerin, die oft die technischen Aspekte der PiPoPa-Geräte und des Cyberspace erforscht. Zusammen bilden sie ein Team, das sowohl durch ihre individuellen Stärken als auch durch ihre Zusammenarbeit wächst.

Die Serie verbindet Elemente des Abenteuers, der Science-Fiction und des Mystery-Genres, wobei der Fokus auf der Interaktion zwischen der realen Welt und dem digitalen Raum liegt. Die Handlung erkundet Themen wie die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft, die Bedeutung von Freundschaft und die Bewältigung von emotionalen Herausforderungen. Durch die Konfrontation mit den Web Ghosts lernen die Protagonisten nicht nur mehr über die digitale Welt, sondern auch über sich selbst und ihre Beziehungen zueinander.