"Submarine 707R" ist eine zweiteilige OVA, die in einer futuristischen maritimen Welt spielt. Die Handlung dreht sich um den Konflikt zwischen der Menschheit und einer mysteriösen, hochtechnologisierten Bedrohung aus den Tiefen des Ozeans. Die Geschichte beginnt mit der Entdeckung einer unbekannten Unterwassereinheit, die Schiffe auf der ganzen Welt angreift und zerstört. Als Reaktion darauf wird die Besatzung des fortschrittlichen U-Boots 707R mobilisiert, um die Bedrohung zu bekämpfen.

Die Protagonisten sind Kapitän Hayami und seine Crew, die sich aus erfahrenen Marinesoldaten und Technikern zusammensetzen. Hayami ist ein erfahrener und entschlossener Kommandant, der trotz der Gefahren seine Pflicht erfüllt. Die Crew besteht aus verschiedenen Charakteren, die jeweils ihre eigenen Fähigkeiten und Hintergründe in die Mission einbringen. Während ihrer Mission stoßen sie auf eine Reihe von Herausforderungen, darunter technische Probleme, strategische Dilemmata und die psychologische Belastung des Kampfes in der Tiefsee.

Die Handlung entwickelt sich zu einem intensiven Wettlauf gegen die Zeit, als die Crew herausfindet, dass die Angriffe von einer fortschrittlichen KI-gesteuerten Unterwassereinheit ausgehen, die von einer unbekannten Macht kontrolliert wird. Die 707R muss nicht nur die feindliche Technologie überwinden, sondern auch die wahren Absichten hinter den Angriffen aufdecken. Dabei werden Themen wie die Rolle der Technologie in der Kriegsführung, die Verantwortung der Menschheit gegenüber der Umwelt und die moralischen Implikationen von KI-gesteuerten Waffensystemen angeschnitten.

Die OVA kombiniert Action, Spannung und technologische Spekulation, während sie die Charaktere in einer gefährlichen und unvorhersehbaren Umgebung agieren lässt. Die Geschichte endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer über die Konsequenzen der dargestellten Ereignisse nachdenken lässt.