"Mahō Shōjo Erena" (OVA) erzählt die Geschichte der jungen Erena, die in einer Welt lebt, in der Magie und moderne Technologie nebeneinander existieren. Erena, ein gewöhnliches Mädchen, entdeckt eines Tages, dass sie über magische Fähigkeiten verfügt, die sie zur Beschützerin ihrer Stadt machen. Diese Fähigkeiten werden aktiviert, als eine mysteriöse Bedrohung in Form von dunklen Kreaturen, bekannt als "Schattenwesen", die Stadt heimsucht. Diese Wesen entstehen aus negativen Emotionen der Menschen und bedrohen das Gleichgewicht der Welt.

Erena wird von einer geheimnisvollen Figur namens Luna angewiesen, ihre Kräfte zu nutzen, um die Schattenwesen zu bekämpfen. Luna, die selbst eine erfahrene Magierin ist, fungiert als Mentorin und führt Erena in die Welt der Magie ein. Im Laufe der Geschichte entwickelt Erena nicht nur ihre magischen Fähigkeiten weiter, sondern lernt auch, mit den Herausforderungen des Erwachsenwerdens umzugehen. Dabei steht sie vor moralischen Dilemmata, da die Schattenwesen oft aus den Ängsten und Sorgen ihrer Mitmenschen entstehen.

Ein zentraler Konflikt der Handlung ist die Beziehung zwischen Erena und ihrer besten Freundin, Miko. Miko, die zunächst nichts von Erenas magischen Fähigkeiten weiß, wird in die Gefahren der Schattenwesen hineingezogen, was ihre Freundschaft auf eine harte Probe stellt. Gleichzeitig taucht ein weiterer Charakter namens Kaito auf, ein junger Mann, der ebenfalls über magische Kräfte verfügt und Erena im Kampf gegen die Schattenwesen unterstützt. Kaitos Vergangenheit ist jedoch von Geheimnissen umgeben, und seine wahren Absichten bleiben lange unklar.

Die Handlung konzentriert sich auf Erenas Entwicklung von einem unsicheren Mädchen zu einer selbstbewussten Magierin, die bereit ist, Verantwortung für ihre Welt zu übernehmen. Dabei werden Themen wie Freundschaft, Vertrauen und die Überwindung von Ängsten behandelt. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für weitere Abenteuer lässt, während Erena weiterhin gegen die Schattenwesen kämpft und versucht, das Gleichgewicht zwischen Magie und Menschlichkeit zu bewahren.