"Angel Core" (OVA) spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit durch Umweltkatastrophen und Kriege an den Rand des Untergangs gedrängt wurde. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Überlebenden, die in einer unterirdischen Stadt leben, die von einer mysteriösen Organisation namens "Angel Core" kontrolliert wird. Diese Organisation behauptet, die letzte Hoffnung der Menschheit zu sein, indem sie fortschrittliche Technologien und genetische Experimente einsetzt, um das Überleben der Spezies zu sichern.

Die Protagonistin, eine junge Frau namens Aya, wird unfreiwillig in die Pläne von Angel Core verwickelt, als sie entdeckt, dass sie selbst das Ergebnis eines genetischen Experiments ist. Aya besitzt besondere Fähigkeiten, die sie von normalen Menschen unterscheiden, und wird von der Organisation als Schlüssel zur Rettung der Menschheit angesehen. Zusammen mit einer Gruppe von Rebellen, die gegen Angel Core kämpfen, versucht Aya, die wahren Absichten der Organisation aufzudecken und ihre eigene Identität zu verstehen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten und Enthüllungen, die die moralischen Dilemmata und ethischen Fragen im Zusammenhang mit genetischer Manipulation und Machtmissbrauch aufzeigen. Die Rebellen stoßen auf zahlreiche Hindernisse, darunter hochtechnisierte Waffen und genetisch veränderte Kreaturen, die von Angel Core kontrolliert werden. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Organisation nicht nur das Überleben der Menschheit sichern will, sondern auch eine neue, überlegene Rasse erschaffen möchte, die die Erde beherrschen soll.

Die Charaktere sind vielfältig und repräsentieren unterschiedliche Perspektiven auf die Situation. Neben Aya gibt es den charismatischen Rebellenführer Kaito, der von Rache getrieben ist, und den Wissenschaftler Dr. Ren, der seine eigenen Gründe hat, gegen Angel Core zu kämpfen. Die Interaktionen zwischen den Charakteren beleuchten die Komplexität ihrer Motivationen und die Grauzonen zwischen Gut und Böse.

Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer mit Fragen über die Zukunft der Menschheit und die Rolle von Technologie und Ethik zurücklässt. Die Handlung bleibt eng auf die zentralen Themen von Identität, Macht und Überleben fokussiert, ohne sich in übermäßige Nebenhandlungen zu verlieren.