"Fafner" ist eine Anime-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit gegen eine mysteriöse außerirdische Bedrohung namens Festum kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf die Bewohner der abgeschiedenen Insel Tatsumiyajima, die durch einen Schutzschild vor den Festum geschützt ist. Die Insel beherbergt eine geheime Organisation namens Alvis, die riesige humanoide Kampfmaschinen, die sogenannten Fafner, entwickelt hat, um gegen die Festum zu kämpfen.

Die Geschichte beginnt mit dem jungen Kazuki Makabe, der zunächst ein normales Leben auf der Insel führt, bis er unerwartet als Pilot für den Fafner Mark Elf ausgewählt wird. Zusammen mit anderen Jugendlichen, darunter sein bester Freund Soushi Minashiro, wird Kazuki in den Kampf gegen die Festum hineingezogen. Die Festum sind Wesen, die sich durch Assimilation anderer Lebensformen ausbreiten und deren wahre Natur und Absichten zunächst rätselhaft bleiben.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Festum nicht nur eine physische Bedrohung darstellen, sondern auch die psychische Integrität der Piloten gefährden. Die Piloten der Fafner sind gezwungen, sich mit den Auswirkungen des Kampfes auf ihre Identität und ihre Menschlichkeit auseinanderzusetzen. Soushi, der zunächst als verschollen gilt, kehrt später zurück und spielt eine zentrale Rolle in der Entwicklung der Handlung, da er eine tiefe Verbindung zu den Festum aufweist.

Die Serie thematisiert die moralischen und emotionalen Dilemmata des Krieges, die Beziehungen zwischen den Charakteren und die Frage, was es bedeutet, Mensch zu sein. Die Handlung wird durch komplexe Charakterentwicklungen und dramatische Wendungen vorangetrieben, während die Bewohner von Tatsumiyajima immer wieder gezwungen sind, sich neuen Bedrohungen zu stellen und ihre eigene Existenz zu verteidigen.

Neben Kazuki und Soushi spielen weitere Charaktere wie Maya Toomi, die als erfahrene Pilotin dient, und Canon Memon, eine junge Frau mit einer besonderen Verbindung zu den Festum, wichtige Rollen. Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und emotionale Tiefe, während sie die Kämpfe der Protagonisten gegen äußere und innere Feinde darstellt.