Die OVA "UQ Holder! Magister Negi Magi! 2" setzt die Handlung des ursprünglichen "UQ Holder!"-Universums fort und knüpft an die Ereignisse des Vorgängers an. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der Magie und moderne Technologie koexistieren, und konzentriert sich auf die Organisation UQ Holder, eine Gruppe von Unsterblichen, die die Welt vor Bedrohungen schützt. Der Protagonist Touta Konoe, ein junger Unsterblicher und Nachfahre des legendären Magiers Negi Springfield, steht im Mittelpunkt der Handlung.

In dieser OVA wird Touta mit einer neuen Herausforderung konfrontiert, als er und seine Gefährten auf einen mächtigen Gegner treffen, der die Weltordnung bedroht. Die Handlung vertieft die Beziehungen zwischen den Charakteren und beleuchtet ihre individuellen Hintergründe, insbesondere die Verbindung zwischen Touta und seiner Mentorin Evangeline A.K. McDowell, einer ehemaligen Schülerin Negi Springfields. Die Gruppe muss sich gegen übermächtige Feinde behaupten, während sie gleichzeitig die Geheimnisse ihrer eigenen Vergangenheit und die wahren Absichten ihrer Gegner aufdecken.

Die OVA kombiniert Action, Fantasy und humorvolle Elemente, wobei die Kämpfe und magischen Fähigkeiten der Charaktere im Vordergrund stehen. Die Handlung baut auf den etablierten Mythen des "Negima!"- und "UQ Holder!"-Universums auf und bietet sowohl langjährigen Fans als auch neuen Zuschauern Einblicke in die komplexe Welt und ihre Charaktere. Die Dynamik zwischen Touta und seinen Verbündeten wird weiterentwickelt, während gleichzeitig neue Bedrohungen und Konflikte eingeführt werden, die die Spannung aufrechterhalten.