"Giji Harem" ist eine Anime-Serie, die sich um den Protagonisten Yūto Aoi dreht, einen Schüler, der aufgrund eines Missverständnisses in eine ungewöhnliche Situation gerät. Yūto wird fälschlicherweise für einen Transgender gehalten, nachdem er versehentlich in ein Mädchenklo gerät und sich aus Verlegenheit als Mädchen ausgibt. Dieses Missverständnis führt dazu, dass er in die Mädchenumkleidekabine seiner Schule versetzt wird, wo er fortan als "Yūko Aoi" lebt.

Die Serie thematisiert die Herausforderungen und Komplikationen, die sich aus dieser Situation ergeben. Yūto muss seine neue Identität aufrechterhalten, während er versucht, seine wahren Gefühle und seine männliche Identität zu verbergen. Dabei entwickelt er enge Beziehungen zu seinen Mitschülerinnen, die ihn als Yūko akzeptieren und unterstützen. Die Dynamik zwischen Yūto und den Mädchen wird durch eine Mischung aus Komödie, Drama und gelegentlichen romantischen Untertönen geprägt.

Zu den Hauptfiguren gehören neben Yūto auch seine Klassenkameradinnen, die jeweils eigene Persönlichkeiten und Hintergründe haben. Dazu zählen beispielsweise die sportliche und offenherzige Asahi Minami, die ruhige und zurückhaltende Rui Aiba sowie die intelligente und etwas distanzierte Kaede Hoshino. Jede dieser Charaktere trägt zur Entwicklung der Handlung bei, indem sie Yūtos Leben als Yūko beeinflussen und ihm helfen, sich in seiner neuen Rolle zurechtzufinden.

Die Handlung von "Giji Harem" konzentriert sich auf die Balance zwischen Komödie und ernsteren Themen wie Identität, Akzeptanz und Freundschaft. Die Serie erkundet, wie Yūto mit den Erwartungen und Vorurteilen seiner Umgebung umgeht, während er gleichzeitig versucht, seine eigene Identität zu bewahren. Die Beziehungen zwischen den Charakteren entwickeln sich im Laufe der Serie weiter, wobei sowohl humorvolle als auch emotionale Momente im Vordergrund stehen.