"Demon Lord 2099" spielt in einer dystopischen Zukunft im Jahr 2099, in der die Welt von technologischen Fortschritten und sozialem Zerfall geprägt ist. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Kaito, einen ehemaligen Hacker, der versehentlich in die Rolle eines mächtigen Dämonenherren gerät. Nachdem er ein mysteriöses Programm aktiviert, wird seine digitale Identität mit der eines antiken Dämonen verschmolzen, was ihm übermenschliche Fähigkeiten verleiht, aber auch die Aufmerksamkeit mächtiger Feinde auf ihn zieht.

Die Stadt Neo-Tokyo, in der die Geschichte hauptsächlich spielt, ist ein Schauplatz von Korruption, Cyberkriminalität und Machtkämpfen zwischen rivalisierenden Fraktionen. Kaito muss sich in dieser gefährlichen Umgebung behaupten, während er versucht, die Wahrheit über seine neue Identität und die Ursprünge des Programms zu entschlüsseln. Unterstützt wird er von einer Gruppe von Verbündeten, darunter die mysteriöse Hackerin Aya, die über umfangreiche Kenntnisse der digitalen Unterwelt verfügt, und Ryu, einen ehemaligen Söldner, der sich auf Nahkampf spezialisiert hat.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass das Programm, das Kaito in den Dämonenherren verwandelt hat, Teil eines größeren Plans ist, der von einer geheimen Organisation namens "Eclipse" orchestriert wird. Diese Organisation strebt danach, die Kontrolle über die digitale und physische Welt zu erlangen, indem sie alte Dämonenkräfte mit moderner Technologie kombiniert. Kaito und seine Gefährten müssen nicht nur gegen die Bedrohung durch Eclipse kämpfen, sondern auch ihre eigenen inneren Konflikte und moralischen Dilemmata bewältigen.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Action-Szenen, politischen Intrigen und philosophischen Fragen über die Natur von Macht, Technologie und Identität. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Serie weiter, wobei ihre Vergangenheiten und Motivationen nach und nach enthüllt werden. "Demon Lord 2099" bietet eine komplexe Erzählung, die Elemente des Cyberpunk-Genres mit mythologischen und dystopischen Themen verbindet.