"Ōoku: The Inner Chambers" spielt in einem alternativen Japan der Edo-Zeit, in dem eine mysteriöse Krankheit, bekannt als der "Rote Pocken-Ausbruch", einen Großteil der männlichen Bevölkerung ausgelöscht hat. Dadurch wird die Gesellschaft von Frauen dominiert, während Männer zu einer seltenen und geschützten Ressource geworden sind. Die politische Macht liegt in den Händen der Shogunin, einer Frau, die das Land regiert. Der Ōoku, traditionell der Harem des Shoguns, wird nun zu einem Ort, in dem Männer als Konkubinen dienen, um die Fortpflanzung und den Erhalt der Gesellschaft zu sichern.

Die Handlung beginnt mit der Ankunft von Yunoshin Mizuno, einem jungen Mann aus einer verarmten Samurai-Familie, der sich freiwillig dem Ōoku anschließt, um seine Familie finanziell zu unterstützen. Im Ōoku trifft er auf eine komplexe Hierarchie, in der Intrigen, Machtkämpfe und emotionale Konflikte an der Tagesordnung sind. Yunoshin wird schnell in die politischen und persönlichen Dynamiken des Hofes hineingezogen, insbesondere durch seine Beziehung zu Yoshimune, der Shogunin, die eine starke und strategische Führerin ist.

Yoshimune, die achte Shogunin, ist eine zentrale Figur der Geschichte. Sie übernimmt die Macht in einer Zeit großer Unsicherheit und versucht, die traditionellen Strukturen des Ōoku zu reformieren, um die Stabilität des Landes zu gewährleisten. Ihre Beziehung zu Yunoshin ist von gegenseitigem Respekt und einer gewissen Zuneigung geprägt, bleibt jedoch durch die strengen Regeln des Hofes und die politischen Erwartungen begrenzt.

Die Serie erkundet die Auswirkungen der geschlechtlichen Umkehrung auf die Gesellschaft, insbesondere auf die Rollen von Männern und Frauen. Männer werden oft als zerbrechlich und schützenswert dargestellt, während Frauen die traditionell männlichen Rollen in Politik, Militär und Haushalt übernehmen. Diese Umkehrung führt zu einer tiefgreifenden Reflexion über Geschlechterrollen, Macht und Identität.

Neben den politischen und gesellschaftlichen Aspekten wird auch das persönliche Schicksal der Charaktere beleuchtet. Yunoshins Erfahrungen im Ōoku zeigen die Isolation und den Druck, denen die Männer ausgesetzt sind, während Yoshimune mit den Herausforderungen ihrer Position und den Erwartungen an sie als Shogunin kämpft. Die Serie verbindet historische Elemente mit fiktionalen Erzählungen, um eine reiche und vielschichtige Geschichte zu schaffen, die sowohl die politischen als auch die emotionalen Dimensionen des Lebens im Ōoku erforscht.