"Synduality: Noir" (TV-Serie) S2 setzt die Geschichte in einer dystopischen Zukunft fort, in der die Menschheit nach einer globalen Katastrophe in unterirdischen Städten lebt. Die Welt wird von mysteriösen Kreaturen, den "Enders," bedroht, die an der Oberfläche lauern. Die Gesellschaft ist abhängig von KI-gesteuerten Androiden, den "Magus," die als Begleiter und Beschützer fungieren. Die Handlung konzentriert sich auf die Protagonisten Kanata, einen jungen Drifter, der als Schatzsucher arbeitet, und Noir, eine einzigartige Magus mit ungewöhnlichen Fähigkeiten und einem rätselhaften Hintergrund.

In der zweiten Staffel vertieft sich die Beziehung zwischen Kanata und Noir, während sie weiterhin gefährliche Missionen an der Oberfläche durchführen, um wertvolle Ressourcen zu bergen. Gleichzeitig wird die Bedrohung durch die Enders immer größer, und es kommt zu unerwarteten Allianzen und Konflikten zwischen den unterirdischen Städten. Neue Charaktere werden eingeführt, darunter rivalisierende Drifter und mächtige Organisationen, die ihre eigenen Agenden verfolgen. Die Handlung enthüllt nach und nach die wahren Ursprünge der Enders und die Rolle der Magus in der postapokalyptischen Welt.

Themen wie Vertrauen, Identität und das Verhältnis zwischen Mensch und Maschine werden weiter erforscht. Die Spannung steigt, als Kanata und Noir auf eine geheime Organisation stoßen, die versucht, die Kontrolle über die Magus zu erlangen, um ihre Macht zu festigen. Die Staffel endet mit einem dramatischen Cliffhanger, der die Zukunft der Protagonisten und die Stabilität der unterirdischen Gesellschaft in Frage stellt. Die Handlung bleibt eng mit den Charakterentwicklungen verbunden, insbesondere mit Noirs zunehmender Selbstreflexion und Kanatas wachsendem Verantwortungsbewusstsein.