"Aquarion EVOL" ist eine 26-teilige Anime-Serie, die in einer fernen Zukunft spielt, in der die Menschheit in zwei getrennte Welten aufgeteilt ist: Altair und Vega. Die Bewohner von Altair, bekannt als Abductors, greifen Vega an, um Energie und Ressourcen zu rauben. Die Vega-Bevölkerung verteidigt sich mit riesigen mechanischen Robotern, den Aquaria, die durch die Fusion von drei Einheiten zu einem mächtigen Kampfroboter, dem Aquarion, verschmelzen können.

Die Handlung konzentriert sich auf die Neo-DEAVA-Organisation, die junge Piloten rekrutiert, um die Aquaria gegen die Angriffe der Abductors einzusetzen. Der Protagonist Amata Sora, ein junger Mann mit der Fähigkeit zu schweben, wird in die Organisation aufgenommen, nachdem er versehentlich einen Aquaria aktiviert hat. Zusammen mit Mikono Suzushiro, einer scheuen, aber talentierten Pilotin, und Zessica Wong, einer selbstbewussten und kämpferischen Frau, bildet er ein Team, das gegen die Bedrohung aus Altair kämpft.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Konflikte zwischen Altair und Vega tiefere Ursachen haben, die mit einer uralten Legende über die Trennung der Geschlechter und die Suche nach einer verlorenen Liebe verbunden sind. Die Charaktere entdecken nach und nach ihre vergangenen Leben und die Verbindungen, die sie in einer früheren Existenz hatten. Insbesondere Amata und Mikono stehen im Mittelpunkt dieser mystischen Verbindung, während Zessica mit ihren eigenen Gefühlen und Identitätskrisen kämpft.

Die Serie kombiniert Action, Drama und mystische Elemente, wobei die Kämpfe zwischen den Aquaria und den feindlichen Maschinen einen zentralen Platz einnehmen. Gleichzeitig werden die zwischenmenschlichen Beziehungen und die Entwicklung der Charaktere intensiv beleuchtet, insbesondere die Dreiecksbeziehung zwischen Amata, Mikono und Zessica. Die Handlung gipfelt in einer Konfrontation, die nicht nur das Schicksal von Vega und Altair, sondern auch die Zukunft der gesamten Menschheit bestimmt.