"Mushibugyou" ist eine Anime-Serie, die in der Edo-Zeit Japans spielt und sich um den Kampf gegen mysteriöse, riesige Insektenwesen, sogenannte "Mushi", dreht. Die Handlung konzentriert sich auf Jinbee Tsukishima, einen jungen und unerfahrenen Samurai, der in Edo ankommt, um den Platz seines Vaters in der Mushi-Bekämpfungseinheit, dem "Mushibugyou", einzunehmen. Diese Einheit wurde vom Shogunat gegründet, um die Bevölkerung vor den gefährlichen Mushi zu schützen, die eine Bedrohung für die Stadt darstellen.

Jinbee ist zunächst ungeschickt und überfordert mit seiner neuen Rolle, doch durch seine Entschlossenheit und seinen starken Willen gelingt es ihm, sich zu behaupten. Er schließt sich der Einheit an, die aus verschiedenen Mitgliedern besteht, darunter die erfahrene Kämpferin Hibachi, der ruhige und strategisch denkende Mugai sowie die junge und talentierte Kotori. Zusammen kämpfen sie gegen die Mushi, die immer wieder in unterschiedlichen Formen und mit neuen Fähigkeiten auftauchen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Mushi nicht nur zufällige Bedrohungen sind, sondern Teil eines größeren Plans, der mit einer geheimnisvollen Organisation namens "Tenma" zusammenhängt. Diese Organisation verfolgt ihre eigenen Ziele und steht in direktem Konflikt mit dem Mushibugyou. Jinbee und seine Gefährten müssen nicht nur gegen die Mushi kämpfen, sondern auch die wahren Absichten von Tenma aufdecken und verhindern, dass ihre Pläne die Stadt und das Land in Gefahr bringen.

Die Serie verbindet Action, historische Elemente und fantastische Kreaturen, wobei die Charakterentwicklung eine zentrale Rolle spielt. Jinbee wächst im Laufe der Serie von einem unerfahrenen Samurai zu einem fähigen Anführer heran, während die Beziehungen zwischen den Mitgliedern des Mushibugyou komplexer und tiefer werden. Die Handlung ist geprägt von Kämpfen, strategischen Überlegungen und der fortwährenden Auseinandersetzung mit den moralischen und ethischen Fragen, die der Kampf gegen die Mushi aufwirft.