"Hamatora THE ANIMATION" ist eine Anime-Serie, die in einer Welt spielt, in der bestimmte Individuen, sogenannte "Minimum Holder", übernatürliche Fähigkeiten besitzen, die als "Minimum" bezeichnet werden. Die Handlung dreht sich um die Detektei "Hamatora", die von den beiden Freunden Nice und Murasaki in Yokohama betrieben wird. Nice, der selbst ein Minimum Holder ist, besitzt die Fähigkeit, seine körperliche Geschwindigkeit zu erhöhen, während Murasaki, obwohl er kein Minimum besitzt, durch seine Kampffähigkeiten und seinen scharfen Verstand überzeugt.

Die Serie beginnt mit der Ermittlung verschiedener Fälle, die die Hamatora-Detektei übernimmt. Dabei stolpern Nice und Murasaki über eine Reihe mysteriöser Vorfälle, die mit anderen Minimum Holdern in Verbindung stehen. Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass eine geheime Organisation namens "Moral" hinter den Ereignissen steckt. Diese Gruppe führt Experimente durch, um das Potenzial der Minimum-Fähigkeiten zu maximieren, oft auf Kosten der Leben der Betroffenen.

Ein zentraler Konflikt entsteht, als die Vergangenheit von Nice und Murasaki aufgedeckt wird. Beide waren Teil eines Forschungsprogramms, das die Entwicklung von Minimum-Fähigkeiten vorantreiben sollte. Die Experimente führten jedoch zu tragischen Konsequenzen, und die Erinnerungen daran belasten die Protagonisten. Moral versucht, diese Vergangenheit zu nutzen, um ihre Ziele zu erreichen, was zu einer direkten Konfrontation zwischen der Organisation und der Hamatora-Detektei führt.

Neben Nice und Murasaki spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Hajime, eine junge Frau mit einer ungewöhnlichen Minimum-Fähigkeit, die sich auf Essen bezieht, und Art, ein ehemaliger Polizist, der sich der Hamatora-Gruppe anschließt. Die Serie thematisiert Fragen nach Gerechtigkeit, Machtmissbrauch und den moralischen Implikationen von übernatürlichen Fähigkeiten.

Die Handlung entwickelt sich von einer episodischen Struktur, in der einzelne Fälle im Mittelpunkt stehen, zu einer übergreifenden Erzählung, die die Hintergründe der Minimum-Fähigkeiten und die Machenschaften von Moral aufdeckt. Dabei werden die Beziehungen zwischen den Charakteren vertieft, und es kommt zu emotionalen und actionreichen Höhepunkten, die die Serie bis zum Ende spannend halten.