"Z/X IGNITION" spielt in einer Welt, die durch die plötzliche Öffnung von Portalen, den sogenannten "Black Points", erschüttert wird. Aus diesen Portalen treten mysteriöse Kreaturen, die als "Z/X" bezeichnet werden. Diese Wesen stammen aus fünf parallelen Welten, die jeweils durch eine eigene Farbe repräsentiert werden: Rot, Blau, Weiß, Grün und Schwarz. Jede dieser Welten hat ihre eigenen Ziele und Ambitionen, was zu Konflikten zwischen ihnen führt.

Die Handlung konzentriert sich auf die Interaktionen zwischen den Z/X und den Menschen, die sie beschwören können. Diese Beschwörer, bekannt als "Piloten", bilden eine enge Bindung mit ihren Z/X und kämpfen gemeinsam in strategischen Duellen, die als "Z/X Battles" bezeichnet werden. Die Kämpfe sind nicht nur physisch, sondern auch taktisch, da die Fähigkeiten und Eigenschaften der Z/X stark variieren.

Im Mittelpunkt der Geschichte steht eine Gruppe von Jugendlichen, die in diese Konflikte verwickelt werden. Azumi Kagamihara, eine Schülerin, wird zur Pilotin eines mächtigen roten Z/X namens Rigel. Zusammen mit anderen Piloten wie Asuka Tennoji, die einen blauen Z/X namens Amenonuhoko kontrolliert, und Yggdra, die einen weißen Z/X namens Siegfried führt, müssen sie sich den Bedrohungen stellen, die von den Black Points ausgehen.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus politischen Intrigen, persönlichen Konflikten und den geheimnisvollen Absichten der Z/X. Die Charaktere müssen nicht nur gegen die Z/X aus den anderen Welten kämpfen, sondern auch ihre eigenen moralischen Dilemmata und Loyalitäten hinterfragen. Dabei wird die Frage aufgeworfen, ob eine Koexistenz zwischen Menschen und Z/X möglich ist oder ob die Konflikte unvermeidlich sind.

Die Serie kombiniert Action, Strategie und emotionale Momente, während sie die Beziehungen zwischen den Piloten und ihren Z/X sowie die Auswirkungen der Black Points auf die Welt erforscht. Die Handlung bleibt dabei eng an den Charakteren und ihren Entwicklungen orientiert, während gleichzeitig die größeren Konflikte zwischen den Welten im Hintergrund voranschreiten.