"ALDNOAH.ZERO 2" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Konflikte zwischen dem Vers-Imperium und der Erde. Nachdem der Krieg zwischen den beiden Fraktionen eskaliert ist, wird die Erde weiterhin von den überlegenen Mars-Kataphrakten bedroht, die durch die fortschrittliche Aldnoah-Technologie unterstützt werden. Inaho Kaizuka, ein taktisch begabter Schüler, spielt weiterhin eine zentrale Rolle im Widerstand gegen die Marsianer. Trotz seiner Verletzungen aus dem vorherigen Konflikt kehrt er zurück, um die Erde zu verteidigen.

Die Serie führt neue Charaktere ein und entwickelt bestehende weiter. Slaine Troyard, ein ehemaliger Verbündeter der Erde, hat sich nun dem Vers-Imperium angeschlossen und steigt in der Hierarchie auf. Seine Loyalität und Motive bleiben jedoch ambivalent, da er sowohl persönliche Rache als auch politische Ambitionen verfolgt. Asseylum Vers Allusia, die Prinzessin des Mars, wird weiterhin als Symbol für Frieden und Versöhnung dargestellt, obwohl ihre Rolle durch politische Intrigen und Manipulationen eingeschränkt wird.

Die Handlung konzentriert sich auf die strategischen Schlachten zwischen den beiden Lagern, wobei die Erde trotz ihrer technologischen Unterlegenheit durch kreative Taktiken und die Fähigkeiten von Inaho und seinen Verbündeten Widerstand leistet. Die Serie thematisiert die Grausamkeit des Krieges, die moralischen Dilemmata der Charaktere und die Auswirkungen von Macht und Verrat. Die Beziehungen zwischen den Hauptfiguren werden weiter ausgebaut, insbesondere die komplexe Dynamik zwischen Inaho, Slaine und Asseylum.

Der zweite Teil von "ALDNOAH.ZERO" schließt die Handlungsstränge der ersten Staffel ab, bietet jedoch ein kontroverses und offenes Ende, das Raum für Interpretationen lässt. Die Serie bleibt dabei ihrem Fokus auf politische Intrigen, militärische Strategien und die persönlichen Konflikte der Charaktere treu.