"Inazuma Eleven GO 2: Chrono Stone" ist die zweite Staffel der "Inazuma Eleven GO"-Reihe und setzt die Geschichte von Endou Mamoru und seinem Team fort. Die Handlung beginnt damit, dass die Protagonisten feststellen, dass die Fußballgeschichte radikal verändert wurde. Fußball ist plötzlich aus der Welt verschwunden, und niemand außer den Mitgliedern des Raimon-Teams erinnert sich daran. Der Grund dafür ist die mysteriöse Organisation El Dorado, die mithilfe einer Zeitreise-Technologie die Vergangenheit manipuliert, um Fußball auszulöschen.

Um die Welt zu retten, schließt sich das Raimon-Team mit Feen namens Alpha, Beta und Gamma zusammen, die aus der Zukunft stammen. Diese Feen sind Teil eines Projekts namens "Protocol Omega 2.0", das darauf abzielt, die Zeitlinie zu korrigieren. Die Protagonisten erhalten die Fähigkeit, durch die Zeit zu reisen, und sammeln mithilfe eines speziellen Geräts, des "Chrono Stone", die Fußballfähigkeiten historischer Spieler, um gegen die mächtigen Gegner von El Dorado anzutreten.

Die Reise führt das Team durch verschiedene Epochen, darunter das feudale Japan, das antike Griechenland und die Ära der Dinosaurier. In jeder Zeitperiode treffen sie auf legendäre Fußballspieler, deren Kräfte sie in Form von "Armed"-Fähigkeiten nutzen können, um ihre Gegner zu besiegen. Die Hauptgegner sind die Mitglieder von El Dorado, insbesondere der charismatische und rätselhafte Feida, der eine zentrale Rolle in der Manipulation der Zeitlinie spielt.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass Feida und seine Gefährten aus einer dystopischen Zukunft stammen, in der Fußball verboten ist. Ihre Motivation besteht darin, die Gegenwart zu verändern, um ihre eigene Zukunft zu retten. Die Protagonisten müssen nicht nur ihre Fußballfähigkeiten unter Beweis stellen, sondern auch moralische Dilemmata bewältigen, da sie verstehen, dass ihre Handlungen Konsequenzen für die Zukunft haben.

Die Charakterentwicklung konzentriert sich stark auf Tenma Matsukaze, den Kapitän des Raimon-Teams, der sich mit seiner Rolle als Anführer auseinandersetzt und wächst. Auch die Beziehungen zwischen den Teammitgliedern und ihren Gegnern werden vertieft, insbesondere die komplexe Dynamik zwischen Tenma und Feida. Die Serie kombiniert actionreiche Fußballspiele mit zeitlichen Paradoxen und emotionalen Momenten, die die Bedeutung von Teamwork und Entschlossenheit betonen.

Am Ende gelingt es dem Raimon-Team, die Zeitlinie zu korrigieren und Fußball in die Welt zurückzubringen. Die Serie schließt mit einem Sieg über El Dorado und der Wiederherstellung der normalen Zeitlinie, wobei die Protagonisten gestärkt aus den Ereignissen hervorgehen.