"Haikyu!! Second Season" setzt die Geschichte des Volleyballteams der Karasuno-Oberschule fort und vertieft die Entwicklung der Charaktere sowie ihre sportlichen Ambitionen. Die Handlung beginnt mit dem Team, das nach der Niederlage gegen Aoba Johsai im Interhigh-Turnier motiviert ist, sich zu verbessern. Der Fokus liegt auf dem intensiven Training und den Vorbereitungen für das bevorstehende Frühlings-Highschool-Turnier, das als nationale Meisterschaft gilt.

Shoyo Hinata und Tobio Kageyama, die beiden Protagonisten, arbeiten weiterhin an ihrer einzigartigen Kombination, dem "Schnellangriff", während sie auch ihre individuellen Fähigkeiten verbessern. Hinata strebt danach, ein vielseitigerer Spieler zu werden, und Kageyama lernt, besser mit seinen Teamkollegen zu kommunizieren. Das Team wird durch neue Mitglieder wie Kei Tsukishima, der seine Einstellung zum Volleyball langsam ändert, und Tadashi Yamaguchi, der an Selbstvertrauen gewinnt, weiter gestärkt.

Die Serie zeigt mehrere Spiele, darunter Freundschaftsspiele gegen andere Schulen wie Nekoma und Fukurōdani, die dazu dienen, die Fähigkeiten des Teams zu testen und zu verbessern. Ein zentraler Konflikt ist das Wiederaufleben der Rivalität mit Aoba Johsai, insbesondere mit ihrem Starspieler Toru Oikawa. Die Spannung steigt, als Karasuno sich erneut mit Aoba Johsai im Turnier misst, was zu einem dramatischen und emotionalen Match führt.

Neben den sportlichen Herausforderungen werden auch die zwischenmenschlichen Beziehungen und die persönlichen Wachstumsprozesse der Charaktere beleuchtet. Die Dynamik innerhalb des Teams entwickelt sich weiter, und die Spieler lernen, ihre individuellen Stärken zu nutzen, um als Einheit zu fungieren. Die Serie endet mit Karasuno, das sich für das nationale Turnier qualifiziert, was einen neuen Höhepunkt für ihre Reise markiert.