Die OVA "Amanatsu" erzählt die Geschichte einer Gruppe von Jugendlichen, die in einer ländlichen Gegend Japans leben und sich mit den Herausforderungen des Erwachsenwerdens auseinandersetzen. Der Protagonist, Amanatsu, ist ein junger Mann, der nach dem Tod seiner Eltern bei seiner Großmutter aufwächst. Er verbringt seine Tage damit, die umliegenden Wälder und Felder zu erkunden, und träumt davon, eines Tages die Welt außerhalb seines Dorfes zu entdecken. Seine engsten Freunde sind die lebhafte und abenteuerlustige Yuki sowie der ruhige und nachdenkliche Haruto.

Die Handlung beginnt mit der Ankunft eines mysteriösen Mädchens namens Hikari, das plötzlich im Dorf auftaucht und behauptet, aus einer fernen Stadt zu stammen. Hikaris Anwesenheit weckt Neugier und Unruhe unter den Dorfbewohnern, insbesondere bei Amanatsu, der sich von ihrer geheimnisvollen Aura angezogen fühlt. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Hikari eine Verbindung zu den alten Legenden des Dorfes hat, die von einer Gottheit erzählen, die einst das Land beschützte.

Als die Gruppe beginnt, die Geheimnisse um Hikari und die Legenden des Dorfes zu erforschen, stoßen sie auf übernatürliche Phänomene und unerklärliche Ereignisse. Diese führen sie zu einem verborgenen Schrein im Wald, der als Schlüssel zur Vergangenheit und zur Zukunft des Dorfes dient. Die Freundschaft der Jugendlichen wird auf die Probe gestellt, als sie sich mit ihren eigenen Ängsten, Wünschen und Konflikten auseinandersetzen müssen, während sie versuchen, das Rätsel um Hikari und den Schrein zu lösen.

Die OVA verbindet Elemente des Alltagslebens mit mystischen und fantastischen Aspekten, wobei die Charaktere durch ihre Interaktionen und Entwicklungen im Mittelpunkt stehen. Die Handlung betont Themen wie Freundschaft, Identität und die Suche nach dem eigenen Platz in der Welt, während sie gleichzeitig die Spannung und das Geheimnisvolle der übernatürlichen Elemente aufrechterhält.