"Bungo Stray Dogs 2" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Geschichte der Armed Detective Agency, einer Organisation von übernatürlich begabten Individuen, die in Yokohama gegen kriminelle Bedrohungen kämpft. Die zweite Staffel besteht aus zwei Erzählsträngen: einem Vorgeschichte-Bogen und einem gegenwärtigen Handlungsbogen.

Der erste Teil der Staffel konzentriert sich auf die Vergangenheit von Osamu Dazai, einem der Hauptcharaktere und ehemaligen Mitglied der Port Mafia. Die Handlung zeigt, wie Dazai vor seinem Eintritt in die Armed Detective Agency den jungen Atsushi Nakajima rettet, der später ein zentraler Protagonist wird. Dieser Rückblick beleuchtet Dazais komplexe Beziehung zu seinem ehemaligen Partner, Sakunosuke Oda, und dessen tragisches Schicksal. Oda, ein Mann mit moralischen Prinzipien, stirbt bei einem Konflikt mit der Port Mafia, was Dazai dazu bewegt, die Organisation zu verlassen und einen neuen Weg einzuschlagen.

Der zweiteilige Rückblick dient als emotionales Fundament für die Charakterentwicklung und erklärt Dazais Motivation, sich der Armed Detective Agency anzuschließen. Gleichzeitig wird die Rivalität zwischen Dazai und seinem ehemaligen Kollegen, Chuuya Nakahara, einem weiteren Mitglied der Port Mafia, weiter ausgebaut.

Der zweite Handlungsbogen kehrt in die Gegenwart zurück und folgt der Armed Detective Agency, die sich einer neuen Bedrohung gegenübersieht: der Guild, einer mächtigen ausländischen Organisation, die Yokohama ins Visier nimmt. Die Guild, angeführt von Francis Scott Fitzgerald, strebt nach der Kontrolle über die Stadt und setzt ihre eigenen übernatürlich begabten Mitglieder ein, um die Armed Detective Agency und die Port Mafia zu destabilisieren. Atsushi Nakajima, der Protagonist der Serie, spielt eine Schlüsselrolle im Kampf gegen die Guild, da seine Fähigkeit, sich in einen weißen Tiger zu verwandeln, von großer strategischer Bedeutung ist.

Während des Konflikts werden die Beziehungen zwischen den Charakteren weiter vertieft, insbesondere die Dynamik zwischen Atsushi und seinem Mentor Dazai sowie die Rivalität zwischen der Armed Detective Agency und der Port Mafia. Trotz ihrer Differenzen arbeiten beide Organisationen zeitweise zusammen, um die gemeinsame Bedrohung durch die Guild zu bekämpfen. Die Staffel endet mit einem intensiven Finale, das die Grundlage für zukünftige Konflikte legt.

Die Charaktere bleiben ein zentrales Element der Serie, wobei ihre individuellen Hintergründe und Motivationen weiter erforscht werden. Neben Dazai und Atsushi spielen auch andere Mitglieder der Armed Detective Agency wie Doppo Kunikida, Ryunosuke Akutagawa und Ranpo Edogawa wichtige Rollen. Die Staffel verbindet Action, Drama und humorvolle Momente, während sie die moralischen Grauzonen und die Komplexität der Charaktere hervorhebt.