"D.Gray-man" spielt in einem alternativen 19. Jahrhundert, in dem die Menschheit von einer mysteriösen Bedrohung namens Akuma heimgesucht wird. Akuma sind künstliche Dämonen, die vom Millennium Earl erschaffen wurden, einem mächtigen Wesen, das die Welt ins Chaos stürzen will. Die Akuma werden aus den Seelen Verstorbener geformt, die durch falsche Versprechungen des Earls in die Falle gelockt werden. Ihre Mission ist es, die Menschheit zu vernichten und die Welt zu zerstören.

Die Handlung dreht sich um die Organisation der Exorzisten, die gegen den Millennium Earl und seine Akuma kämpfen. Die Exorzisten sind mit heiligen Waffen namens Innocence ausgestattet, die ihnen übernatürliche Kräfte verleihen. Diese Waffen sind die einzige Möglichkeit, Akuma zu besiegen. Die Exorzisten arbeiten für das Schwarze Orden, eine geheime Organisation, die sich dem Schutz der Menschheit verschrieben hat.

Der Protagonist der Serie ist Allen Walker, ein junger Exorzist, der eine einzigartige Verbindung zur Innocence besitzt. Sein linker Arm ist in eine mystische Waffe verwandelt, die es ihm ermöglicht, Akuma zu bekämpfen. Allen schließt sich dem Schwarzen Orden an und trifft auf eine Gruppe von Verbündeten, darunter Lenalee Lee, Kanda Yuu, Lavi und Komui Lee. Jeder von ihnen hat eine eigene Geschichte und einzigartige Fähigkeiten, die sie im Kampf gegen den Earl und seine Armee einsetzen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass der Millennium Earl nicht nur Akuma erschafft, sondern auch eine größere, dunklere Agenda verfolgt. Es gibt Hinweise auf eine Verbindung zwischen dem Earl und Allens Vergangenheit, die nach und nach enthüllt wird. Die Handlung wird durch zahlreiche Kämpfe, emotionale Momente und komplexe Charakterentwicklungen vorangetrieben. Dabei werden Themen wie Verlust, Schuld und die Suche nach Identität behandelt.

Die Serie ist in mehrere Handlungsbögen unterteilt, die sowohl die Kämpfe gegen die Akuma als auch die internen Konflikte innerhalb des Schwarzen Ordens beleuchten. Es gibt auch eine zunehmende Fokussierung auf die Noah-Familie, eine Gruppe von mächtigen Wesen, die mit dem Millennium Earl verbündet sind und über übernatürliche Kräfte verfügen. Die Noah spielen eine zentrale Rolle in der weiteren Entwicklung der Handlung und stellen eine ernsthafte Bedrohung für die Exorzisten dar.

"D.Gray-man" verbindet Action, Drama und übernatürliche Elemente zu einer vielschichtigen Erzählung, die sowohl epische Kämpfe als auch tiefgreifende Charakterstudien bietet. Die Serie bleibt dabei stets eng an der Entwicklung ihrer Hauptfiguren und ihrer Beziehungen zueinander, während sie gleichzeitig die größeren Konflikte und Geheimnisse der Welt enthüllt.