In "Digimon Adventure tri.- Kapitel 3: Geständnis" setzt sich die Handlung fort, nachdem die DigiDestined im vorherigen Kapitel mit der Bedrohung durch den mysteriösen Infizierten Digimon Alphamon und die zunehmende Instabilität der digitalen Welt konfrontiert wurden. Die Geschichte konzentriert sich stärker auf die emotionalen Konflikte und Beziehungen der Charaktere, insbesondere auf die Dynamik zwischen Meiko Mochizuki und ihrem Partner Digimon Meicoomon. Meiko fühlt sich zunehmend isoliert und schuldig, da sie glaubt, dass Meicoomon die Ursache für die jüngsten Katastrophen ist.

Die Gruppe der DigiDestined, bestehend aus Tai, Matt, Sora, Izzy, Mimi, Joe, T.K. und Kari, steht vor der Herausforderung, ihre Freundschaften und ihr Vertrauen zueinander zu stärken, während sie gleichzeitig versuchen, die Bedrohung durch die infizierten Digimon zu bekämpfen. Tai und Matt geraten erneut in einen Konflikt über die beste Vorgehensweise, wobei Tai für direkte Konfrontation plädiert, während Matt einen vorsichtigeren Ansatz bevorzugt. Diese Spannungen spiegeln sich auch in ihren Beziehungen zu ihren Partnern Agumon und Gabumon wider.

Ein zentrales Ereignis ist die Rückkehr von Leomon, der versucht, Meicoomon zu retten, jedoch scheitert und dabei schwer verletzt wird. Dies verstärkt Meikos Schuldgefühle und führt zu einer emotionalen Krise. Gleichzeitig enthüllt sich ein neuer Antagonist, ein mysteriöser Junge namens Hackmon, der mit den DigiDestined in Kontakt tritt und sie vor einer noch größeren Gefahr warnt. Hackmon deutet an, dass Meicoomon eine Schlüsselrolle in den kommenden Ereignissen spielen wird.

Die Handlung gipfelt in einem intensiven Kampf, bei dem die DigiDestined gezwungen sind, ihre Grenzen zu überschreiten, um ihre Partner Digimon zu schützen. Die emotionalen Höhepunkte des Films liegen in den Geständnissen und Offenbarungen der Charaktere, insbesondere Meikos Entscheidung, sich ihrer Verantwortung zu stellen und ihre Ängste zu überwinden. Der Film endet mit einem Cliffhanger, der die Spannung für das nächste Kapitel aufrechterhält und die zunehmende Komplexität der Beziehungen zwischen den Charakteren und der digitalen Welt verdeutlicht.