"Martian Successor Nadesico: The Motion Picture - Prince of Darkness" spielt einige Jahre nach den Ereignissen der gleichnamigen Serie. Die Handlung konzentriert sich auf die junge Pilotin Yurika Misumaru, die nun als Kommandantin des Raumschiffs Nadesico C fungiert. Die Erde befindet sich in einer instabilen politischen Lage, nachdem die Bedrohung durch die außerirdischen Jovianer scheinbar beendet wurde. Eine neue Organisation namens Nergal tritt auf den Plan, die versucht, die Kontrolle über die verbliebenen Ressourcen und Technologien zu erlangen.

Yurika und ihre Crew werden mit einer neuen Bedrohung konfrontiert, als mysteriöse Feinde auftauchen, die als "Darkness" bezeichnet werden. Diese Gegner verfügen über fortschrittliche Technologie und scheinen mit den früheren Jovianern in Verbindung zu stehen. Im Zentrum der Handlung steht der geheimnisvolle Junge Akito Tenkawa, der in der Serie eine Schlüsselrolle spielte und nun verschwunden ist. Seine Rückkehr und seine Verbindung zu den Ereignissen werden zu einem zentralen Thema des Films.

Die Handlung erforscht die Auswirkungen von Krieg, Technologie und menschlichen Beziehungen, während die Charaktere mit ihren eigenen inneren Konflikten und Loyalitäten kämpfen. Yurika muss nicht nur die Bedrohung durch die Darkness bekämpfen, sondern auch mit den politischen Machenschaften von Nergal und den Erwartungen ihrer Crew umgehen. Der Film kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, während er die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren vertieft und neue Fragen über die Zukunft der Menschheit aufwirft.

Die Hauptfiguren, darunter Yurika, Akito und weitere bekannte Charaktere aus der Serie, werden in einer sich schnell entwickelnden Handlung präsentiert, die sowohl für Fans der Serie als auch für neue Zuschauer zugänglich ist. Der Film bietet eine Mischung aus emotionalen Momenten und spektakulären Raumschlachten, während er die Themen Identität, Verantwortung und die Konsequenzen von Technologie weiter erforscht.