Die Anime-Serie "86" spielt in einer dystopischen Welt, in der die Republik San Magnolia seit Jahren im Krieg mit dem benachbarten Imperium Giad liegt. Die Republik behauptet, keine Verluste zu erleiden, da sie angeblich unbemannte Drohnen namens Juggernauts einsetzt. In Wirklichkeit werden diese Drohnen jedoch von den "86ern" gesteuert, einer Gruppe von Menschen, die aufgrund ihrer ethnischen Herkunft diskriminiert und in abgelegene Gebiete verbannt wurden. Die 86er werden gezwungen, in einem aussichtslosen Krieg zu kämpfen, während die Bürger der Republik in Sicherheit leben und die Existenz der 86er leugnen.

Die Handlung konzentriert sich auf zwei Hauptfiguren: Lena, eine Majorin der San Magnolia-Armee, die als Handlerin die 86er aus der Ferne unterstützt, und Shin, den Anführer einer Einheit von 86ern, die unter dem Codenamen "Undertaker" bekannt ist. Lena, die anfangs naiv und idealistisch ist, beginnt, die grausame Realität des Krieges und die Unterdrückung der 86er zu verstehen, als sie mit Shin und seiner Einheit kommuniziert. Shin hingegen ist ein erfahrener und desillusionierter Soldat, der den Tod vieler Kameraden miterlebt hat und sich mit seiner eigenen Vergangenheit auseinandersetzt.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Lena und Shin sowie die Dynamik innerhalb der Einheit der 86er vertieft. Die 86er kämpfen nicht nur gegen die feindlichen Legionen des Imperiums, sondern auch gegen die Hoffnungslosigkeit und die Ungerechtigkeit, die sie erfahren. Die Serie zeigt die psychologischen und emotionalen Auswirkungen des Krieges auf die Charaktere, während sie gleichzeitig die Themen Rassismus, Klassenunterschiede und die moralischen Dilemmata des Krieges erforscht.

Die Handlung entwickelt sich durch mehrere Phasen, von den anfänglichen Kämpfen der 86er gegen die Legionen bis hin zu ihrer Flucht aus den besetzten Gebieten und ihrer Begegnung mit neuen Verbündeten und Feinden. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das Raum für weitere Entwicklungen lässt, während gleichzeitig die persönlichen Geschichten der Charaktere einen gewissen Abschluss finden.