"Rockman.EXE Beast" ist eine Fortsetzung der "Rockman.EXE"-Serie und setzt die Abenteuer von Lan Hikari und seinem NetNavi MegaMan.EXE in einer Welt fort, in der die reale und die virtuelle Welt eng miteinander verbunden sind. Die Serie spielt in einer Zeit, in sich die NetNavi-Technologie weiterentwickelt hat und die sogenannte "Beast-Out"-Fähigkeit eingeführt wurde. Diese Fähigkeit ermöglicht es NetNavis, sich in mächtige Bestien zu verwandeln, was sowohl eine große Stärke als auch eine potenzielle Gefahr darstellt.

Lan und MegaMan.EXE stehen vor neuen Herausforderungen, als eine mysteriöse Organisation namens "Nebula" auftaucht, die die Beast-Out-Technologie für ihre eigenen dunklen Ziele missbraucht. Nebula versucht, die Kontrolle über die virtuelle Welt zu erlangen und bedroht damit sowohl die digitale als auch die reale Welt. Lan und MegaMan.EXE müssen sich mit neuen Verbündeten zusammentun, darunter Chaud Blaze und sein NetNavi ProtoMan.EXE, um Nebula zu stoppen.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Lan und MegaMan.EXE auf die Probe gestellt, insbesondere als MegaMan.EXE beginnt, die Beast-Out-Fähigkeit zu nutzen. Diese Fähigkeit birgt das Risiko, dass MegaMan.EXE die Kontrolle verliert und zu einer zerstörerischen Kraft wird. Lan muss lernen, mit dieser neuen Macht umzugehen und gleichzeitig die Bedrohung durch Nebula abzuwehren.

Die Handlung wird durch eine Reihe von Kämpfen und Missionen vorangetrieben, bei denen Lan und MegaMan.EXE gegen verschiedene Gegner antreten, darunter auch ehemalige Freunde, die von Nebula manipuliert wurden. Die Serie thematisiert dabei die Bedeutung von Freundschaft, Vertrauen und Verantwortung, während die Charaktere mit ihren eigenen Ängsten und Schwächen konfrontiert werden.

Neben den Hauptcharakteren Lan und MegaMan.EXE spielen auch andere NetNavi-Betreiber wie Maylu Sakurai (Roll.EXE), Dex Oyama (GutsMan.EXE) und Yai Ayanokoji (Glyde.EXE) eine wichtige Rolle. Jeder von ihnen trägt auf seine Weise dazu bei, die Bedrohung durch Nebula zu bekämpfen und die Balance zwischen den Welten wiederherzustellen.

"Rockman.EXE Beast" bietet eine Mischung aus Action, Spannung und emotionalen Momenten, während es die bereits etablierte Welt der "Rockman.EXE"-Serie weiter ausbaut und neue Dimensionen der Charakterentwicklung und des Plots einführt.