Hitomi Kanzaki, ein Schulmädchen und Leistungssportlerin, kann Tarotkarten legen. Als Hitomi selbst für sich die Karten legt, um Ihre eigene Zukunft zu erfragen, erscheint Ihr ein geheimnisvolles Bild: Ein Drache wird auftauchen und sie wird sich in einer "völlig neuen Welt" befinden. Hitomi glaubt sehr wohl an die Richtigkeit Ihrer Fähigkeit die Zukunft vorauszusagen. Doch was dies zu bedeuten hat, weiß sie selbst nicht. In der Schule finden Sportwettkämpfe statt. Hitomi's Schwarm und Trainer, Amano, nimmt auch daran teil. Als Hitomi an der Reihe ist, scheint sie erst den Lauf zu gewinnen, doch plötzlich erscheint vor Ihren Augen eine Vision. Sie sieht einen Jungen in mittelalterlicher Kleidung, auf den sie zurennt. Hitomi fällt zu Boden. Ihr Trainer und Ihre Freundin Yukari eilen herbei. Im Krankenzimmer der Schule ist Amano bei Ihr. Es geht Ihr wieder besser. Die beiden unterhalten sich über Hitomis Halskette. Hitomi und Yukari gehen nach Hause. Unterwegs erzählt die Freundin ihr über Amano, der die Stadt und auch Japan verlassen will, da ihm eine neue Stelle angeboten wurde. Hitomi ist schockiert. Sie fast allen Mut zusammen. Sie verhandelt mit ihm, dass sie Ihn küssen darf, wenn sie die 100m unter 13 sec schafft. Doch auch hier ereilt Hitomi beim Lauf eine Vision, die aber nun Realität zu sein scheint. Der Junge, aus ihrer ersten Vision, steht vor ihr und Hitomi rennt auf ihn zu. Doch eine weitere Gefahr droht. Ein Drache kommt aus einem Portal. Der Junge mit dem Namen Van Farnel will gegen ihn kämpfen und stößt die anderen zur Seite. Der Kampf ist gnadenlos. Hitomi erhält neue Visionen und sieht, wie Van im Kampf fällt. Gemeinsam besiegen sie so den Drachen und Van schneidet dem Drachen seinen Energisten aus der Brust. Noch im gleichen Moment erhellt ein Lichtstrahl die Umgebung. Hitomi schreit nur noch um Hilfe und ruft immer und immer wieder nach Amano. Aber Amano kann nichts unternehmen, und muss mit ansehen, wie Hitomi und Van vor seinen Augen verschwinden. Er schreit nach Hitomi, doch es ist niemand mehr da...

Hitomi und Van befinden sich nun auf einem anderen Planeten namens Gaia. Von hier aus kann man den Mond und die Erde betrachten. Es ist tiefste Nacht. Scheinbar unbemerkt schleichen sich einige merkwürdige Gestalten an Hitomi und Van heran. Van erkennt, dass sie sich vor den dunkeln Gestalten nicht fürchten müssen. Als die beiden endlich Farnellia (Vans Heimat) erreichen, werden sie jubelnd von einer großen Menschenmenge erwartet. Van, der den Energisten des getöteten Drachen mitbringt, soll nun König von Farnellia werden. Hitomi ruht sich erst einmal im Palast aus. Wieso ist sie eigentlich hier auf Gaia gelandet? Wie wird sie jemals wieder zurück zur Erde kommen, um Ihren Amano wiederzusehen? Dann taucht auch noch Merle auf. Sie ist eine Mischung aus Katze und Mensch und eine gute Freundin von Van und ist neidisch auf Hitomi, weil Van sich Ihrer Meinung nach zu sehr um sie kümmert. Hitomi beobachtet Van mit Vargas (Einem der 4 großen Schwertmeister Gaias, der Van das Kämpfen beibringt), wie sie die Schwertkunst trainieren. Vargas verspricht Hitomi, dass nach der Königszeremonie ein Weg für sie nach Hause gefunden wird. Am Tag der Zeremonie hat Hitomi wieder eine schlimme Vision: Große Ritter, die in den brennenden Ruinen Farnellias kämpfen. Die Krönung wird vollzogen. Doch plötzlich schlagen die Soldaten Alarm. Unbekannte und dazu unsichtbare Guymelefs (gewaltige Exoskelette in der Form einer Ritterrüstung) greifen die Stadt an. Die Soldaten haben keine Chance gegen diese abscheulichen und übermächtigen Maschinen. Vargas befiehlt Van mit Hitomi zum Tempel zu eilen und Escaflowne zu retten. Van und Hitomi betreten den farnellischen Tempel. Mit Hilfe des Energisten erwacht ein enormer Guymelef zum Leben. Es ist Escaflowne! Van geht mit Escaflowne in den Kampf. Doch Vargas weist ihn zurück, er solle sich und Hitomi mit Escaflowne in Sicherheit bringen. Vargas lässt sein Leben für die Rettung und Flucht von Van, Hitomi und Escaflowne. In weiter Entfernung schaut Van über das total zerstörte und abgebrannte Farnellia. Er schwört Rache an den unsichtbaren Gegnern..

Van und Hitomi finden sich in einem völlig anderen Teil des Planeten wieder. Doch sie wurden bei der "Landung" getrennt. Van macht sich auf die Suche nach Hitomi. Währenddessen versucht ein Räuber Hitomi die Halskette zu stehlen. Doch ein eleganter Mann taucht auf und verjagt den Räuber. Van, der Hitomi's Hilferufe vernommen hatte, findet die beiden auf einer Waldlichtung. Aber Van sieht in dem jungen Mann, names Allen Shezar, einen Räuber und zieht sein Schwert. Allen gibt sich jedoch als Ritter zu erkennen und verlangt von Van sein Schwert zurückzustecken (Der Ehrencodex seines Heimatlandes Astoria verlangt, dass ein Ritter das Schwert mit dem Schwert beantworten muss). Doch Van greift sofort an. Er kämpft tapfer, hat jedoch gegen Allen nicht den Hauch einer Chance und geht bewusstlos zu Boden. Zur selben Zeit in der fliegenden Festung des Zaibach Imperiums, die von Kommandant Dildando bestraft und Lord Falken gemeinsam regiert wird. Auf einem riesigen Portal erscheint der Imperator Dolunkirk, Herrscher über das Zaibach Imperium. Er befiehlt ihnen den Drachen Escaflowne zu ihm zu bringen, denn dieser einzelne Guymelef könnte den Untergang des Zaibach Imperiums bewirken. Van berichtet Allen von der totalen Vernichtung Farnelias. Allen ist schockiert, erlaubt Van aber erst einmal nicht mit Escaflowne Rache an den Zaibach zu nehmen, alleine wäre es aussichtslos und behält Escaflowne ein. Die schwebende Festung der Zaibach erscheint und Allen empfängt Dilando. Van fällt es schwer sich zu beherrschen. Dilando entdeckt Hitomi und fragt sie nach ihrer Herkunft. Hitomi stutzt, doch Allen eilt herbei und sagt, dass sie seine Geliebte wäre. Hitomi legt Van die Karten und hat eine Vision von der Zerstörung Astorias. Plötzlich taucht der Räuber wieder auf, der weiß wo Escaflwone untergebracht ist. Van und Hitomi folgen ihm und Van eilt mit Escaflowne ins Freie. Alan stellt sich in den Weg, willigt jedoch ein, Van gehen zu lassen, falls dieser ihn im Duell besiegt. Allen gewinnt klar den Kampf. Hitomi bekommt eine neue Vision. Sie sieht Allen Shezar in Gefahr und schreit ihn an, den Guymelef schnell zu verlassen. Denn die unsichtbaren Feinde greifen wieder an...

Was hat es mit dieser erneuten Vision von Hitomi auf sich? Viele Astorianer fangen an zu tuscheln und zweifeln an Hitomi, da sie ja vom Phantom Mond (der Erde) kommt. Die Soldaten sehen Hitomi als eine Bedrohung an. Merle taucht auf und überbringt Van keine guten Botschaften. Farnellia sei vollständig niedergebrannt und dessen Bürger alle geflohen. Falken weiß, dass sich Escaflowne in Astoria befindet und schickt Dilando's Truppe. Allen und Hitomi sprechen ein wenig über "Familie" und dabei erfährt sie, dass die Mutter von Allen sehr früh, nach dem mysteriösen Verschwinden seiner Schwester, verstarb. Hitomi fühlt sich sehr zu Allen hingezogen. In der Zwischenzeit rüstet sich Astoria gegen mögliche Angriffe der Zaibach. Sollten Hitomi's Visionen sich bewahrheiten, würde man ohne Vorbereitungen hilflos dastehen. Einige Guymelefs werden laut Befehl Allen's zum Kampfeinsatz vorbereitet. Hitomi eine erneute Vision: Die Zaibach greifen an. Astoria leistet Wiederstand, jedoch vergeblich. Die Zaibach wollen um jeden Preis Escaflowne bekommen und dringen schon fast in den Palast vor. Van will kämpfen, doch Allen hält ihn zurück. Hitomi, Van, Allen, Merle & Allens treue Ergebene flüchten in einem Flugschiff namens "Crused". Falken hat jedoch die Flucht bemerkt und es kommt zum Kampf an Deck des Luftschiffes. Van sieht nur eine Lösung: Er flüchtet mit Escaflowne und die Zaibach nehmen sofort dessen Verfolgung auf. Das Luftschiff ist entkommen. Doch was ist mit Van? Wird er vor Dilando und den Zaibach fliehen können?

Van flieht auf Escaflowne vor Dilandos Truppe. Auf einem Felshügel kommt es zum Kampf zwischen Escaflowne und den Zaibach Guymelefs, den Dilando und seine Mannen gewinnen. Gerade als Dilando zum "Todesstoß" gegen Van ansetzt, zieht ihn Falken zurück. Die Crused erreicht kurze Zeit spät den Kampfschauplatz. Jedoch ist von Van und Escaflowne, geschweige denn von den Zaibach keine Spur zu finden. Allen und seine Crew glauben, dass die beiden an einen geheimen Ort gebracht wurden. Falken hat nun Escaflowne. Er erklärt Dilando, dass Escaflowne der Schlüssel zu einer neuen Zukunft sei. Dilando erinnert sich, dass er Van doch schon vorher einmal gesehen hat (nämlich in Allen's Palast). Hitomi legt Allen die Karten. Allen bezweckt damit eine Prüfung ihrer "Hellseher"-Fähigkeiten. Da sie den Test besteht, soll sie nun durch ihre Fähigkeiten Van finden. Falken beobachtet seinen Bruder Van, der aus seiner Bewusstlosigkeit aufwacht als Falken sich ihm nähert. Als Falken ein bekanntes Lied aus Farnellia einstimmt erkennt Van in ihm seinen Bruder. Van will wissen, wieso Falken Farnellia niedergebrannt hat. Falken erwidert, dass er dies nur für eine neue Zukunft machen würde. Van versteht dies nicht. Falken versucht Van auf seine Seite zu bringen. Hitomi hat mit Allens und Merles Hilfe Van in einem Tal mit schwebenden Steinen geortet. Allen und seine Truppen stürmen die Festung; finden Van und Escaflowne. Doch plötzlich ereilt Hitomi eine Vision: Van wird etwas Schreckliches passieren. Sie eilt in die Festung um Van zu helfen. Dabei trifft sie auf Van und Falken. Falken lässt Van ziehen und verschwindet. Hitomi schreit Van zu, dass er von hinten angegriffen wird.Van weicht mit einer reflexartigen Bewegung zur Seite. Dilando's Schwert verfehlt Van nur um Zentimeter. Es kommt zum Kampf zwischen Dilando und Van, wobei Van Dilando an der linken Wange trifft und ihm eine tiefe Wunde zufügt. Allen, Van, Hitomi und die Crew verlassen die Zaibach Festung und fliehen erst einmal in Richtung Palas, der Hauptstadt vom Reich Astoria.

Van flieht auf Escaflowne vor Dilandos Truppe. Auf einem Felshügel kommt es zum Kampf zwischen Escaflowne und den Zaibach Guymelefs, den Dilando und seine Mannen gewinnen. Gerade als Dilando zum "Todesstoß" gegen Van ansetzt, zieht ihn Falken zurück. Die Crused erreicht kurze Zeit spät den Kampfschauplatz. Jedoch ist von Van und Escaflowne, geschweige denn von den Zaibach keine Spur zu finden. Allen und seine Crew glauben, dass die beiden an einen geheimen Ort gebracht wurden. Falken hat nun Escaflowne. Er erklärt Dilando, dass Escaflowne der Schlüssel zu einer neuen Zukunft sei. Dilando erinnert sich, dass er Van doch schon vorher einmal gesehen hat (nämlich in Allen's Palast). Hitomi legt Allen die Karten. Allen bezweckt damit eine Prüfung ihrer "Hellseher"-Fähigkeiten. Da sie den Test besteht, soll sie nun durch ihre Fähigkeiten Van finden. Falken beobachtet seinen Bruder Van, der aus seiner Bewusstlosigkeit aufwacht als Falken sich ihm nähert. Als Falken ein bekanntes Lied aus Farnellia einstimmt erkennt Van in ihm seinen Bruder. Van will wissen, wieso Falken Farnellia niedergebrannt hat. Falken erwidert, dass er dies nur für eine neue Zukunft machen würde. Van versteht dies nicht. Falken versucht Van auf seine Seite zu bringen. Hitomi hat mit Allens und Merles Hilfe Van in einem Tal mit schwebenden Steinen geortet. Allen und seine Truppen stürmen die Festung; finden Van und Escaflowne. Doch plötzlich ereilt Hitomi eine Vision: Van wird etwas Schreckliches passieren. Sie eilt in die Festung um Van zu helfen. Dabei trifft sie auf Van und Falken. Falken lässt Van ziehen und verschwindet. Hitomi schreit Van zu, dass er von hinten angegriffen wird.Van weicht mit einer reflexartigen Bewegung zur Seite. Dilando's Schwert verfehlt Van nur um Zentimeter. Es kommt zum Kampf zwischen Dilando und Van, wobei Van Dilando an der linken Wange trifft und ihm eine tiefe Wunde zufügt. Allen, Van, Hitomi und die Crew verlassen die Zaibach Festung und fliehen erst einmal in Richtung Palas, der Hauptstadt vom Reich Astoria.

Beim Kampf gegen die Guymelefs gibt Van sein bestes und schaltet die Guymelefs nur durch die Zerstörung der Energisten aus, da er kein unnötiges Blutvergießen möchte. Der König scheint nicht zufrieden zu sein. Abends wird beim König gefeiert. Dabei kommt heraus, dass Milana einem Mann zugesprochen ist. Hitomi scheint erleichtert zu sein, dass es nicht Allen ist. Auf dem Schlossdach gesteht Milana später Allen ihre Liebe und sie küssen sich. Hitomi sieht dieses und läuft davon. Allen bemerkt sie im letzten Moment. Ein geheimes Treffen: Flaken überzeugt König Aston von der Gefählichkeit Vans und Escaflownes. Daraufhin bekommt er die Erlaubnis Escaflowne zu fangen. Hitomi wird von zwei Echsenmenschen entführt. Van, alamiert von Merle, bringt die Kidnapper mit Escaflowne zur Strecke. Dilando taucht auf. Er will Escaflowne haben. Allen kommt Van und Hitomi in seinem Guymelef zur Hilfe. Der Kampf zerlegt die halbe Stadt in Schutt und Asche. Doch Van und Hitomi können so entkommen.

Hitomi hat einen Traum: Allen Shezar gesteht ihr, dass er alles aufgegeben hat nur um sein Leben mit ihr zu teilen. Allen kommt Hitomi immer näher. Gerade als die beiden sich küssen wollen, fährt Milana in einer Kutsche vor und Allen scheint nur noch Augen für Milana zu haben. Hitomi fällt in ein tiefes schwarzes Loch. Da taucht ein strahlend weißer Engel auf der ihr helfen will.Vans, Merles und Hitomis Flucht vor den Zaibachern ist geglückt. Sie sind im Wald. Spät am Abend: Merle schläft schon. Van trainiert. Hitomi betrachtet ihren Pendel und stellt große Ähnlichkeiten mit dem Escaflowne Energisten fest. Hitomi erzählt Van, dass sie ihre Eltern vermisst und beginnt zu weinen. Auch Van erzählt, das seine Eltern beide sehr früh gestorben sind und er nur Vargas als Elternersatz hat. Van sagt auch, dass Falken nicht mehr sein Bruder sei, denn er sei bei dem Kampf mit dem Drachen zur Thronfolgerschaft befohlen und hätte sich den Zaibach angeschlossen. Milana macht ihrem Vater (dem König von Astoria) schwere Vorwürfe, da er mit den "Verrätern" (gemeint sind die Zaibach) zusammenarbeitet. Diese planen unterdessen einen Angriff auf das Herzogtum Fraid (Herrscher ist Prinz Shido, Enkel des Königs von Astoria). Allen sitzt im Gefängnis, da er Escaflowne zur Flucht verholfen, aber Milana verhilft ihm zu fliehen. Er soll die Zaibach an der Invasion hindern. Van, Merle und Hitomi fliegen mit Escaflowne weiter zu einer Energistenmine. Als Van über die Mine fliegt, um einige Energisten mitzunehmen, reagieren plötzlich alle Energisten. Das gesamte Lager explodiert, tiefe Risse erscheinen im Erdboden und Hitomi fällt in einen Spalt. Van will sie retten. Plötzlich "wachsen" auf seinem Rücken reine, weiße Engelsflügel. Er reicht Hitomi seine Hand. Sie blickt auf und sieht Van mit ausgebreiteten weißen Engelsflügeln. Ist Van der Engel aus dem Traum? Woher hat er die Kraft dazu?
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Welches Geheimnis hütet Van. Und wie ergeht es Allen?

Van erzählt Hitomi alles über seine Eltern und seine wahre Herkunft: Vargas will die Armee von Farnellia verlassen und seine Kampfkünste perfektionieren. Unter der Bedingung seiner baldigen Rückkehr lässt Goou, der damals amtierende König, ihn ziehen. An einem See entdeckt er eine wunderschöne Frau, die zum Drachenvolk gehört. Sie trägt weiße Engelsflügel, und ihr Volk soll angeblich den Untergang von Atlantis bewirkt haben. Die Frau mit dem Namen Varie ist sich sicher das die Begegnung vom Schicksal vorbereitet wurde. Zusammen ziehen sie nach Farnellia und heiraten trotz der Einwände der Priester...Sie bekommen zwei Kinder: Falken und sieben Jahre später Van Farnel. Vargas hat seine Kampfkunst über die Jahre hinweg verbessert und kehrt nach Farnellia zurück. Doch König Goou ist an einer seltenen Krankheit gestorben. Kurze Zeit später, nachdem Falken im Kampf mit dem Drachen geflohen ist, verschwindet auch Van´s Mutter und kehrt nie mehr zurück... In der Gegenwart: Milana gibt ihre Gefühle in Bezug auf Allen zu erkennen und verlässt Astoria mit einem Schiff, um Alan zu folgen. Van, Hitomi und Merle laufen mit Escaflowne in Richtung der Grenze nach Fraid. Doch Dilando hat sie bereits entdeckt und greift mit einem kleinen Stoßtrupp Escaflowne an. Dank Hitomi´s Fähigkeiten kann Van zwar den Fernkampfangriffen der Zaibach ausweichen, doch im anschließenden Nahkampf siegt schließlich die zahlenmäßige Überlegenheit. Gemeinsam schaffen Alan uns Van es einen Guymelef der Zaibach außer Gefecht zu setzen, doch Allen wird bei dem Versuch Hitomi zu beschützen schwer verwundet. Als sich die Handelsflotte von Fraid dem Kampfschauplatz nähert, müssen sich die Zaibach vorerst zurückziehen, um ihre Identität zu verbergen. Allen wird an Bord eines Handelschiffes gebracht, auf dem sich zufällig auch Milana befindet. Milana ist entsetzt über den Vorfall, und entschließt sich Allen zu helfen. Doch ob sie es schafft Allen´s Leben zu retten bleibt noch offen...

Dank Prinzessin Millernas Notoperation überlebt Ritter Allen seine lebensgefährliche Verletzung. In Freid treffen Allen, Millerna, Van, Hitomi und Merle auf den jungen Prinzen Chid, den Neffen Millernas. Chid ist stolz und glücklich, endlich Ritter Allen persönlich kennenzulernen, den er aufgrund der Erzählungen seiner verstorbenen Mutter Marlene aufs höchste bewundert. Der mächtige Mönch Placto macht sich auf den Weg in den Palast von Freid, um den gefangenen Zaibacher Soldaten Miguel zu verhören. Doch auf dem Weg wird er im Auftrag von Folken von dem chamäleonartigen Wesen Zongi getötet. In Gestalt von Placto schleicht sich Zongi in den Palast. Er läßt Miguel aussagen, daß Allen und seine Freunde Verräter sind, die die Macht in Asturia übernehmen wollen. Miguel bricht aus seinem Gefängnis aus und versucht, mit seinem Gaimilef zu fliehen. Dabei wird er jedoch von Van und Escaflowne aufgehalten. Miguel flüchtet sich in ein Versteck, wo er von Zongi getötet wird, der um seine Tarnung fürchtet. Währenddessen wird Van gefangengenommen und wie seine Freunde ins Gefängnis geworfen. Prinz Chid indessen wünscht sich sehnlichst, Gewißheit darüber zu erlangen, was Wahrheit und was Lüge ist.

Der Hexer Zongi hat sich in Gestalt des Mönches Placto in den Palast des Herzogs von Freid eingeschlichen. Als er Hitomi über ihre außergewöhnlichen Fähigkeiten ausfragen will, erscheint ihr in einer Vision seine wahre Gestalt, erkennt ihn als Mörder von Placto und sieht ihn sterben. Daraufhin hat Hitomi einen Herzstillstand, aber Van gelingt es, sie zu retten. Prinz Chid erlaubt Van und Hitomi, den mittlerweile geflohenen Hexerspion mit Escaflowne zu verfolgen. Zongi sucht Zuflucht in einem nahe gelegenen Tempel. Dort trifft er auf Dilandau, die ihn zur Strafe für den Mord an ihrem Krieger Miguel tötet.
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Als Van und Hitomi mit Escaflowne eintreffen, versucht Dilandau auch Hitomi zu töten, da sie deren hellseherische Fähigkeiten fürchtet. Um Hitomi zu schützen, flieht Van mit Escaflowne. Zurück in Freid werden die Freunde von allen Vorwürfen freigesprochen, da der Leichnam des echten Mönches Placto gefunden wurde und damit der Beweis ihrer Unschuld erbracht ist.

Der Herzog von Freid kehrt in sein Schloß zurück. Nach anfänglicher Skepsis bittet er Allen und seine Freunde, ihm bei der Verteidigung von Freid zur Seite zu stehen. Van bittet Hitomi, ihnen im Kampf gegen die unsichtbaren Gaimilefs mit ihren außergewöhnlichen Fähigkeiten zu helfen. Hitomi lehnt Vans Bitte jedoch ab, da sie es kaum noch aushält, immer wieder von ihren schrecklichen Visionen gequält zu werden. Millerna findet in den Räumen ihrer verstorbenen Schwester Marlene deren Tagebuch. Sie erfährt daraus, daß ihre Schwester und Allen ein Verhältnis miteinander hatten und daß Allen Chids leiblicher Vater ist. Am nächsten Tag treffen die vier Zaibacher Armeen ein und bereiten sich darauf vor, Freid anzugreifen.

Die Armee von Freid opfert sich im Kampf gegen die Zaibacher. Der Herzog von Freid, Van uns seine Freunde können fliehen. Im Tempel der Fortuna eröffnet ihnen der Herzog, daß Freid im Besitz der geheimnisvollen Macht des Volkes von Atlantis ist. Die Macht muss vor dem Zugriff der Zaibacher geschützt werden. Der Tempel wird von den Zaibachern angegriffen. Der Herzog wird getötet. Prinz Cid übergibt den Zaibacher das Schwert, mit dem sich das Siegel der verborgenen Macht von Atlantis öffnen läßt.

Escaflowne gibt den schwerverletzten Van frei. Hitomi stellt fest, daß Vans Verletzungen den Beschädigungen von Escaflowne entsprechen. Van kann nur gerettet werden, wenn Escaflowne repariert wird. Zufällig treffen sie auf die Handelsflotte von Dryden. Dryden ruft die Ispanos herbei, die Escaflowne wieder instand setzen. Kaum ist Van genesen, werden sie von Dilandau und ihrem Drachenschwadron angegriffen. Van nimmt den Kampf auf, kann die Feinde ausschalten, wird aber erneut verletzt.

Hitomi holt Van nach dem Kampf gegen die Zaibacher Gaimilefs aus dem Reich der Toten zurück. In der nächsten Nacht greifen die beiden Leopardenfrauen Eria und Naria mit ihren Gaimilefs im Auftrag der Zaibacher den Krusador an. Van kann sie nicht aufhalten, doch Merle stellt sich ihnen in den Weg. Eria und Naria ziehen sich vorübergehend zurück. Aufgrund der Aufzeichnungen von Allens Vater glaubt Dryden, daß der Schlüssel aller Geheimnisse um Atlantis im Mystischen Tal verborgen liegt. Sofort macht sich der Krusador auf den Weg dorthin.

Naria und Eria erstatten Folken Bericht über ihren ersten Versuch, Van gefangen zu nehmen. Dryden kann anhand des Tagebuch von Allens Vater den Kurs zum Tal der Wunder, der Heimat von Vans Vorfahren, dem Volk des Drachengottes, zu bestimmen. Als sie das Tal erreichen, werden sie bereits von den Zaibachern erwartet. Die Katzenmädchen Naria und Eria versuchen erneut im Auftrag von General Folken, Van in ihre Gewalt zu bringen. Der Krusador samt Besatzung wird jedoch von dem grellen weißen Licht erfasst und verschwindet durch ein Tor im Himmel.

Die Besatzung des Krusador schafft es tatsächlich, das Tal der Wunder zu erreichen. Van wird in die Ruinen von Fanelia gebeamt, wo er auf seinen alten Schwertkampfmeister Vargas trifft. Vargas fordert Van auf zu kämpfen, um Gaia vor dem Untergang zu retten. Währenddessen wird Allen in die Vergangenheit gebeamt, wo er auf seinen Vater Leon trifft. Leon erzählt Allen von seiner Suche nach dem Geheimnis von Atlantis. Hitomi begegnet in einer Vision Vans Mutter, die sie für das Leiden von Van, Allen und all der anderen verantwortlich macht. Narya und Erya gelingt es beim zweiten Versuch, auch in das Tal der Wunder vorzudringen. Van findet sich in Escaflowne wieder und schlägt die beiden in die Flucht. Erya und Narya werden zusammen mit der fliegenden Zaibacher Festung von einem gewaltigen Sog erfaßt und ins Nichts geschleudert. Van, Escaflowne und seine Freunde finden sich gleich darauf außerhalb des Tals der Wunder wieder. Van erscheint seine Mutter Varie, die ihn daran erinnert, daß seine Träume und Wünsche die Zukunft von Gaia bestimmen werden.

Vans Mutter gibt ihrem Sohn einen neuen Energiestein, bevor sie wieder verschwindet. Plötzlich werden Allen, Hitomi und Van von der weißen Lichtsäule in die Hauptstadt der Zaibacher gebracht. Dort treffen sie auf Kaiser Dornkirk. Der Zaibacher Herrscher erzählt ihnen, daß er vom Mond der Illusionen, also der Erde, stammt und mit Hilfe seines Schicksalsmanipulators eine glückliche, neue Welt zu schaffen gedenkt. Kurz darauf finden sich die drei Freunde in Käfige gesperrt wieder. Währenddessen versuchen die Zaibacher Hexer, hinter das Geheimnis von Escaflowne zu kommen und beginnen, ihn auseinanderzunehmen. Eng mit Escaflownes Schicksal verbunden stirbt Van fast vor Schmerzen. Hitomi gelingt es zusammen mit Van, Kraft ihrer Konzentration, die Gewalt über Escaflowne zu erlangen und aus Zaibach zu fliehen.

Kaiser Dornkirk zeigt sich zunehmend nervös über die unglaublichen Kräfte von Escaflowne, die durch Hitomi noch stärker zur Entfaltung gebracht werden. Folken entwickelt einen Plan, um Hitomi von Van und Escaflowne zu trennen. Währenddessen sind Hitomi, Van, Merle, Millerna, Dryden und die Mannschaft des Krusador nach Pallas, der Hauptstadt von Asturia, zurückgekehrt. Millerna und Dryden entschließen sich zu heiraten und treffen die ersten Vorbereitungen. Van macht Hitomi deutlich, daß er sie wegen ihrer außergewöhnlichen Kräfte im Kampf gegen die Zaibacher für immer bei sich haben möchte. Verärgert über Vans Ansichten, sucht Hitomi das Weite. Im Zusammenspiel mit dem Leopardenmädchen Erya und dem Schicksalsgenerator gelingt es Folken, zwischen Ritter Allen und Hitomi Gefühle der Liebe zu entfachen. Van wird Zeuge eines innigen Kusses zwischen den beiden und ist zutiefst geschockt.

Kurz vor ihrer Hochzeit mit Dryden bittet Millerna Hitomi, ihr die Zukunft vorherzusagen. Hitomi liest in den Karten, daß Millerna nur mit einem einzigen Mann glücklich werden kann - nämlich mit Allen. Da sie aber Allen nicht an Millerna verlieren will, sagt sie ihr eine glückliche Zukunft mit Dryden voraus. Um sicherzugehen, daß ihre Vorhersage eintrifft, vertauscht Hitomi die entsprechenden Karten und versucht, für die Zukunft von Millerna und Dryden Glück herbeizuwünschen. Währenddessen tauscht Folken das Blut von Erya und Naria mit Glücksblut aus, um sie schlagkräftiger zu machen. Auf Befehl von Kaiser Dornkirk werden die Leopardenmädchen losgeschickt, um Hitomi gefangen zu nehmen. Als die Heiratszeremonie beginnt, greifen die beiden mit ihren Gaimilefs an. Gestärkt durch ihr Glücksblut gelingt es ihnen, Van und Escaflowne außer Gefecht zu setzen. Dryden wird bei dem Angriff schwer verletzt. Hitomi glaubt, daß sie schuld an den schrecklichen Ereignissen ist, weil sie versucht hat, die Zukunft zu ändern. Freiwillig liefert sie sich den Angreifern aus.

Narias und Eryas Versuch, Hitomi zu entführen, scheitert. Das künstliche Glücksblut in ihren Adern zeigt unerfreuliche Nebenwirkungen und schwächt sie zeitweise. Beim Versuch, die fliegende Festung zu erreichen, stürzt Naria mit ihrem Gaimilef ab, während Erya mit letzter Kraft das Ziel erreicht. Naria erholt sich und bringt Hitomi in ihre Gewalt. Kaiser Dornkirk befiehlt Folken, Erya - trotz ihres geschwächten Zustandes - loszuschicken, um Naria und Hitomi aus Pallas rauszuholen und an Bord der Festung zu bringen. Van entschließt sich, seinen Bruder Folken zu töten, um dem ganzen Spuk ein Ende zu bereiten. Erya holt mit ihrem Gaimilef ihre Schwester Naria aus Pallas raus. Gegen ihren Willen müssen sie Hitomi jedoch zurücklassen, da sie eine zu große Last für sie ist. Mit letzter Kraft gelingt es ihnen, an Bord der fliegenden Festung zurückzukehren. Van und Escaflowne haben der Festung aber bereits den Todesstoß versetzt. Kurz darauf sterben Naria und Erya an den Nebenwirkungen des Glücksblut in den Armen von General Folken. Zutiefst durch den Tod seiner beiden Dienerinnen getroffen, kündigt Folken Kaiser Dornkirk die Gefolgschaft auf. Während die Festung ins Meer stürzt, rettet er sich mit dem letzten verbliebenen Gaimilef.

Die Regierung von Asturia beschließt, Wirtschaftssanktionen gegen das Zaibacher Reich wegen des erneuten Überfalls einzuleiten. Dank des Einsatzes von Allen kann die Auslieferung von Hitomi an die Zaibacher verhindert werden. Van wird von seinem Bruder Folken über einen Boten aufgefordert, sich mit ihm in Fanelia zu treffen. Hitomi überredet Van, der Aufforderung nachzukommen, und begleitet ihn. Als sie am vereinbarten Treffpunkt von irdischen Drachen angegriffen werden, glaubt Van, in eine Falle getappt zu sein. Haßerfüllt entschließt er sich, seinen Bruder zu töten. Folken zeigt Van jedoch einen Weg, wie er die Drachen dazu bringen kann, von ihm abzulassen. Durch die Schilderung der Vergangenheit und seine neugewonnenen Überzeugungen wächst in Van die Bereitschaft, seinem Bruder ein weiteres Mal zu vertrauen.

Der Zaibacher General Folken bittet in Asturia um politisches Asyl. Er macht der Regierung von Asturia deutlich, daß die Zaibacher sich ganz Gaia untertan machen wollen. Zusammen mit seinen Verbündeten bereitet sich Asturia auf Krieg gegen die Zaibacher vor. Vor seinem militärischen Einsatz gesteht Allen Hitomi seine Liebe und macht ihr einen Heiratsantrag. Wieder genesen, läuft Dilandau zu alter kriegerischer Höchstform auf. Mit einem Überraschungsangriff zerstört sie einen wichtigen militärischen Stützpunkt der Asturianer. Um weitere Verluste zu vermeiden, müssen sich Van und Allen nach Pallas zurückziehen. Hitomi erleidet wegen der ständigen kriegerischen Auseinandersetzungen einen Nervenzusammenbruch. Sie wünscht sich sehnlichst, endlich wieder nach Hause zurückzukehren. Als sie ihren Wunsch ausspricht, wird sie von einem weißen Lichtstrahl erfaßt und zurück auf die Erde gebracht.

Hitomi findet sich an jenem schicksalshaften Tag auf der Erde wieder, als sie zusammen mit Van nach Gaia gebracht wurde. Tatsächlich passiert auch haargenau das gleiche wie damals. Währenddessen findet Allen auf Gaia nach über zehn Jahren seine totgeglaubte Schwester Serena wieder. Sie scheint vollkommen das Gedächtnis verloren zu haben. Am Grab ihrer Mutter verwandelt sich Serena jedoch in Dilandau und verschwindet. Van kommt nicht darüber hinweg, daß die geliebte Hitomi wieder zu Hause auf der Erde ist. Zusammen mit Escaflowne und unwissentlich durch Dornkirks Schicksalsgenerator getrieben, macht er sich auf den Weg dorthin und holt Hitomi zurück nach Gaia.

Auf Gaia beginnt die alles entscheidende Schlacht gegen die Zaibacher. Verbündete Streitkräfte von Asturia werfen über dem Schlachtfeld ohne Rücksicht auf eigene Verluste eine Bombe mit verheerender Wirkung ab und löschen fast die gesamte Zaibacher Armee aus. Währenddessen gelingt es Hitomi und Folken, in die Zentrale des Zaibacher Kaisers Dornkirk einzudringen. Dornkirk erwartet sie bereits, da er das Schicksal so gelenkt hat, daß sie ihn zusammen aufsuchen. Er eröffnet ihnen, daß sie die letzten beiden Elemente sind, die er braucht, um seinen Wunsch, eine Zukunft nach eigenen Vorstellungen zu erschaffen, zu erfüllen. Folken versucht, Dornkirk mit seinem Schwert zu töten. Dabei bricht das Ende der Klinge ab und trifft ihn tödlich in die Brust. Hitomi erleidet daraufhin einen weiteren Nervenzusammenbruch, weil sie ihr Schicksal, von einem Unglück in das nächste zu stürzen, nicht mehr ertragen kann. Auch Van ist völlig verzweifelt, als er den Tod seines Bruders spürt.

Das Aktivieren von Dornkirks Schicksalsmaschine hat verheerende Folgen. Nachdem die Zaibacher geschlagen sind, können die Verbündeten Asturias ihren Wunsch, als Sieger aus dem Krieg hervorzugehen, nicht stoppen und fangen an, sich untereinander zu bekämpfen. Auch Dilandau greift in den Kampf ein, um endlich ihre Rechnung mit Van zu begleichen. Doch Van hat seine Kampfkunst erheblich verbessert und kann ihre Attacken abwehren. Als Dilandaus letzter Krieger Jajuka stirbt, verwandelt sie sich zurück in Serena, die Schwester von Allen. Van glaubt immer noch, Dilandau vor sich zu sehen und versucht, ihr den Todesstoß zu versetzen. Um seine Schwester zu schützen, sieht Allen keine andere Möglichkeit, als Van zum Kampf herauszufordern. Hitomi gelingt es von Dornkirks Palast aus, Van telepathisch dazu zu bewegen, das Kämpfen sein zu lassen. Zusammen mit Escaflowne rettet Van Hitomi, die endlich ihre Liebe zu ihm entdeckt hat. Dennoch entscheidet sich Hitomi am Ende, Van und Gaia zu verlassen und auf die Erde zurückzukehren.