"Spriggan" spielt in einer Welt, in der antike Zivilisationen fortschrittliche Technologien hinterlassen haben, die von modernen Organisationen gesucht und umkämpft werden. Die Handlung dreht sich um Yu Ominae, einen jugendlichen Agenten der ARCAM Corporation, einer Geheimorganisation, die darauf spezialisiert ist, diese Relikte zu sichern und vor missbräuchlicher Nutzung zu schützen. Yu ist ein sogenannter "Spriggan", ein Eliteagent mit übermenschlichen Fähigkeiten, der mit spezieller Ausrüstung und Kampftechniken ausgestattet ist.

Die Geschichte beginnt, als ARCAM von einem mysteriösen Artefakt namens "Noah's Ark" erfährt, das in den Bergen der Türkei entdeckt wurde. Dieses Artefakt birgt immense Macht und könnte, falls es in die falschen Hände gerät, die Welt zerstören. Yu wird entsandt, um die Ark zu sichern, stößt jedoch auf den Widerstand der US-amerikanischen Spezialeinheit "TROOP", die das Artefakt für militärische Zwecke nutzen will. Im Laufe der Mission enthüllt sich, dass die Ark nicht nur eine Waffe ist, sondern auch eine Verbindung zu einer alten, hochtechnologisierten Zivilisation hat, die vor Tausenden von Jahren untergegangen ist.

Yu wird von verschiedenen Charakteren begleitet, darunter Jean-Jacques Mondo, ein weiterer Spriggan-Agent, und Dr. Yoshino Somei, eine Wissenschaftlerin, die sich mit der Erforschung der antiken Technologien beschäftigt. Die Handlung entwickelt sich zu einem Wettlauf gegen die Zeit, bei dem Yu nicht nur gegen feindliche Kräfte kämpfen muss, sondern auch die Geheimnisse der Ark und ihre wahren Absichten aufdecken muss. Dabei werden Themen wie die Verantwortung für Macht, die Gefahren von Technologie und die moralischen Dilemmata des Schutzes der Menschheit vor sich selbst behandelt.

Die Geschichte ist geprägt von actionreichen Szenen, strategischen Konflikten und einer detaillierten Welt, die die Grenzen zwischen Mythologie und Science-Fiction verschwimmen lässt. Die Charaktere sind vielfältig und komplex, wobei Yu als Protagonist sowohl physische als auch emotionale Herausforderungen bewältigen muss, um seine Mission zu erfüllen. "Spriggan" bietet eine Mischung aus historischen Anspielungen, futuristischen Elementen und einem spannenden Plot, der die Zuschauer in eine Welt voller Geheimnisse und Gefahren eintauchen lässt.