Die OVA von "Moriarty the Patriot" vertieft die Handlung der Hauptserie und bietet zusätzliche Einblicke in die Charaktere und ihre Motivationen. Die Geschichte spielt im viktorianischen England und konzentriert sich auf William James Moriarty, einen brillanten Mathematiker und Strategen, der sich als Krimineller gegen die korrupten Strukturen der britischen Gesellschaft stellt. Moriarty, der aus einer Adelsfamilie stammt, jedoch aufgrund seiner Herkunft als Adoptivkind Diskriminierung erfährt, entwickelt einen Plan, um die Klassengesellschaft von innen heraus zu zerstören. Unterstützt wird er von seinen Brüdern Albert und Louis Moriarty, die ebenfalls an der Umsetzung seiner Vision beteiligt sind.

Die OVA beleuchtet insbesondere die Beziehung zwischen William und Sherlock Holmes, seinem intellektuellen Gegenspieler. Sherlock, ein genialer Detektiv, wird auf Moriartys Machenschaften aufmerksam und beginnt, dessen Pläne zu durchkreuzen. Die Dynamik zwischen den beiden Charakteren ist geprägt von gegenseitigem Respekt und einem Wettstreit der Intelligenz, der die Handlung vorantreibt. Neben den Hauptfiguren spielen auch weitere Charaktere wie John Watson, Sherlocks treuer Freund, und Irene Adler, eine geheimnisvolle Frau mit eigenen Ambitionen, eine Rolle.

Die Handlung der OVA ergänzt die Ereignisse der Hauptserie, indem sie Hintergründe zu Moriartys Vergangenheit und seinen Beweggründen liefert. Es werden Szenen gezeigt, die seine Entwicklung vom idealistischen jungen Mann zum kaltblütigen Strategen verdeutlichen. Gleichzeitig wird die moralische Ambivalenz seiner Methoden thematisiert, da er zwar für eine gerechtere Gesellschaft kämpft, dabei jedoch selbst zu Gewalt und Manipulation greift. Die OVA bietet somit eine vertiefte Charakterstudie und erweitert das Verständnis für die komplexen Beziehungen und Konflikte innerhalb der Serie.