"Parallel World Pharmacy" erzählt die Geschichte des Pharmazeuten Kanji Yakutani, der in der modernen Welt als talentierter und engagierter Apotheker arbeitet. Nach einem langen Arbeitstag stirbt er plötzlich an Überarbeitung und erwacht in einer mittelalterlich anmutenden Parallelwelt. In dieser Welt wird er als Falma de Médicis wiedergeboren, der Sohn einer Adelsfamilie mit einer langen Tradition in der Heilkunst. Falma besitzt nicht nur das Wissen seines früheren Lebens, sondern auch eine einzigartige magische Fähigkeit, die es ihm ermöglicht, die Zusammensetzung von Substanzen zu analysieren und zu manipulieren.

In dieser Welt ist die Medizin rückständig, und viele Menschen leiden unter Krankheiten, die in der modernen Welt leicht behandelbar wären. Falma beschließt, sein pharmazeutisches Wissen und seine magischen Fähigkeiten einzusetzen, um die medizinische Versorgung zu verbessern. Er gründet eine Apotheke, in der er innovative Medikamente herstellt und die Menschen über moderne Behandlungsmethoden aufklärt. Dabei stößt er auf Widerstand von traditionellen Heilern und korrupten Adligen, die seine Fortschritte als Bedrohung für ihre Macht und ihren Einfluss sehen.

Falma wird von seiner Zwillingsschwester Charlotte und seiner treuen Dienerin Blanche unterstützt, die ihm bei der Verwaltung der Apotheke und der Verbreitung seines Wissens helfen. Im Laufe der Serie trifft er auf verschiedene Charaktere, darunter Patienten, die von seinen Behandlungen profitieren, sowie Gegner, die seine Methoden in Frage stellen. Falma muss nicht nur medizinische Herausforderungen bewältigen, sondern auch politische Intrigen und gesellschaftliche Vorurteile überwinden, um seine Vision einer besseren Gesundheitsversorgung zu verwirklichen.

Die Handlung verbindet Elemente der Fantasy mit medizinischem Fachwissen und zeigt, wie Falma durch seine Innovationen und seinen Einsatz das Leben der Menschen in dieser Welt nachhaltig verändert. Dabei wird auch die ethische Verantwortung eines Heilers thematisiert, sowie die Spannung zwischen Tradition und Fortschritt in einer Gesellschaft, die sich im Wandel befindet.