"Moonrise" erzählt die Geschichte einer Gruppe von Jugendlichen, die in einer von mysteriösen Ereignissen geprägten Welt leben. Die Handlung spielt in einer fiktiven Stadt, die von einem seltsamen Mondlicht beleuchtet wird, das die Grenzen zwischen Realität und Fantasie verschwimmen lässt. Die Protagonisten, darunter der ruhige und nachdenkliche Kaito, die energische und neugierige Aya sowie der zurückhaltende, aber loyaler Freund Ren, entdecken eines Nachts, dass sie über besondere Kräfte verfügen, die mit den Phasen des Mondes verbunden sind.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass diese Kräfte nicht zufällig sind, sondern Teil eines größeren Schicksals, das die Jugendlichen miteinander verbindet. Sie erfahren, dass ihre Fähigkeiten sie dazu befähigen, gegen dunkle Kreaturen zu kämpfen, die als "Schattenwesen" bekannt sind und die Stadt bedrohen. Diese Wesen entstehen aus den negativen Emotionen der Menschen und werden durch das mysteriöse Mondlicht verstärkt. Die Gruppe muss lernen, ihre Kräfte zu kontrollieren und zusammenzuarbeiten, um die Schattenwesen zu besiegen und das Gleichgewicht ihrer Welt wiederherzustellen.

Während sie gegen die Bedrohung kämpfen, stoßen die Protagonisten auf Geheimnisse über ihre eigene Vergangenheit und die wahre Natur des Mondlichts. Es stellt sich heraus, dass der Mond nicht nur eine Quelle der Kraft, sondern auch ein Schlüssel zu einer anderen Dimension ist, die mit ihrer Welt verbunden ist. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit äußeren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit inneren Konflikten und Zweifeln, die ihre Zusammenarbeit und ihren Fortschritt behindern.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, Drama und mystischen Elementen, wobei die Beziehungen zwischen den Charakteren im Mittelpunkt stehen. Ihre individuellen Entwicklungen und die Dynamik innerhalb der Gruppe spielen eine entscheidende Rolle, wie sie mit den Herausforderungen umgehen. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Möglichkeit einer Fortsetzung andeutet.