"Miko Note Episode 0: Zenjitsudan" ist eine Einführung in die Welt der Serie, die sich um die junge Miko Yoshino und ihre ungewöhnlichen Erlebnisse dreht. Miko, ein Mädchen aus einer ländlichen Gegend, zieht in die Stadt, um eine neue Schule zu besuchen. Dort trifft sie auf eine Gruppe von Mädchen, die sich als Hexen entpuppen und eine geheime Mission verfolgen. Diese Hexen, bekannt als die "Zenjitsudan", kämpfen gegen dunkle Kräfte, die die Welt bedrohen. Miko wird unerwartet in ihre Welt hineingezogen, als sie entdeckt, dass auch sie über magische Fähigkeiten verfügt.

Die Handlung konzentriert sich auf Mikos Anpassung an ihr neues Leben, während sie gleichzeitig ihre neu entdeckten Kräfte erkundet. Sie lernt die anderen Mitglieder der Zenjitsudan kennen, darunter die selbstbewusste Anführerin Momo, die ruhige und analytische Yuzu sowie die energiegeladene und impulsive Kako. Jede von ihnen hat einzigartige Fähigkeiten und Persönlichkeiten, die sie in ihren Kämpfen gegen die dunklen Mächte einsetzen.

Im Laufe der Episode wird deutlich, dass die Zenjitsudan nicht nur gegen äußere Bedrohungen kämpfen, sondern auch mit internen Konflikten und persönlichen Herausforderungen zu tun haben. Miko muss lernen, ihre Kräfte zu kontrollieren und sich in die Gruppe zu integrieren, während sie gleichzeitig versucht, ihr normales Schulleben aufrechtzuerhalten. Die Episode legt den Grundstein für die kommenden Abenteuer und Konflikte, die die Gruppe erwarten, und gibt Einblicke in die Hintergründe der Charaktere und die mysteriöse Welt, in der sie leben.