"Classroom of the Elite II" (TV-Serie) S2 setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Dynamik innerhalb der Advanced Nurturing High School, einer Elite-Schule, die Schüler auf ihre zukünftige Rolle in der Gesellschaft vorbereitet. Die Serie konzentriert sich auf die Klasse 1-D, die als die schwächste der Schule gilt, und ihren stillen, aber strategisch begabten Protagonisten Kiyotaka Ayanokōji.

Die zweite Staffel führt neue Herausforderungen und Prüfungen ein, die die Schüler bewältigen müssen, um ihre Schulpunkte zu sichern und ein Aufsteigen in höhere Klassen zu ermöglichen. Eine zentrale Prüfung ist die "Insel-Prüfung", bei der die Schüler auf einer abgelegenen Insel überleben und strategisch miteinander konkurrieren müssen. Hierbei werden Allianzen gebildet, Verrat geplant und die wahren Absichten der Charaktere offengelegt. Kiyotaka nutzt seine analytischen Fähigkeiten, um die Klasse durch geschickte Manipulation und Täuschung voranzubringen, während er gleichzeitig seine eigene Vergangenheit und Motive geheim hält.

Parallel dazu wird die Beziehung zwischen Kiyotaka und seinen Mitschülern weiterentwickelt, insbesondere zu Kei Karuizawa, die eine zunehmend wichtige Rolle in seinen Plänen einnimmt. Die Serie beleuchtet auch die Hintergründe anderer Schlüsselcharaktere wie Suzune Horikita, die weiterhin versucht, die Klasse zu führen, und Kōhei Katsuragi, der als Rivale auftritt.

Die Handlung wird durch politische Intrigen, psychologische Manipulation und die ständige Frage nach den wahren Absichten der Schule geprägt. Die Schüler müssen nicht nur akademische und physische Herausforderungen meistern, sondern auch mit den sozialen Hierarchien und den moralischen Dilemmata umgehen, die sich aus dem Wettbewerb ergeben. Die zweite Staffel vertieft die Charakterentwicklung und legt den Grundstein für weitere Konflikte, die in zukünftigen Handlungssträngen aufgegriffen werden könnten.