In der zweiten Staffel von "Megaton-kyū Musashi" wird die Handlung fortgesetzt, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit von außerirdischen Invasoren, den Draktoren, bedroht wird. Die Überlebenden leben in geschützten Städten und setzen auf riesige Roboter, die Musashi, um gegen die Feinde zu kämpfen. Die Protagonisten Yamato Ichidaiji, Ryugo Hijikata und Teru Asami, die in der ersten Staffel als Piloten der Musashi-Roboter rekrutiert wurden, stehen weiterhin im Mittelpunkt der Geschichte.

Die zweite Staffel vertieft die Konflikte zwischen den Menschen und den Draktoren, wobei neue Bedrohungen und Geheimnisse aufgedeckt werden. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit den äußeren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit inneren Spannungen und persönlichen Herausforderungen. Yamato, der anfangs widerwillig in den Kampf gezogen war, entwickelt sich weiter und übernimmt mehr Verantwortung. Ryugo, der von Rache getrieben ist, wird mit den Konsequenzen seiner Handlungen konfrontiert, während Teru, die technisch begabte Pilotin, ihre Fähigkeiten weiter ausbaut und eine zentrale Rolle im Team einnimmt.

Die Handlung führt die Gruppe in neue Schlachten, bei denen sie auf mächtigere Draktoren und unerwartete Verbündete treffen. Gleichzeitig werden die Hintergründe der Invasion und die wahren Absichten der Draktoren nach und nach enthüllt. Die Serie verbindet actionreiche Kampfszenen mit Momenten der Charakterentwicklung und thematisiert Themen wie Zusammenarbeit, Vertrauen und die Überwindung von Verlusten. Die zweite Staffel baut auf den Ereignissen der ersten auf und erweitert das Universum, während sie die Spannung und die emotionalen Konflikte der Charaktere weiter vertieft.