"Apocalypse Zero" ist eine zweiteilige OVA, die auf dem Manga von Takayuki Yamaguchi basiert. Die Handlung spielt in einer postapokalyptischen Welt, die von Mutationen und Gewalt geprägt ist. Die Erde wurde durch einen Atomkrieg verwüstet, und die Überlebenden sind entweder mutiert oder kämpfen ums Überleben. Die Geschichte konzentriert sich auf die Geschwister Kakugo und Harara Hagakure, die mit speziellen Anzügen ausgestattet sind, die ihnen übermenschliche Kräfte verleihen. Diese Anzüge, bekannt als "Kuroshogun" und "Shirokishin," sind die letzten Hoffnungsträger gegen die Bedrohung durch die mutierten Kreaturen und die tyrannische Organisation "Dynastie."

Kakugo, der Protagonist, ist ein stoischer und entschlossener Kämpfer, der mit seinem Anzug "Kuroshogun" ausgerüstet ist. Seine Schwester Harara trägt den Anzug "Shirokishin" und unterstützt ihn im Kampf. Die Dynastie, angeführt von der mysteriösen und sadistischen Lady Karin, strebt nach Weltherrschaft und setzt dabei auf grausame Experimente und Mutationen, um ihre Ziele zu erreichen. Die Geschwister Hagakure stellen sich dieser Bedrohung entgegen, während sie gleichzeitig mit ihren eigenen inneren Konflikten und der dunklen Vergangenheit ihrer Familie kämpfen müssen.

Die Handlung ist geprägt von brutalen Kämpfen, grotesken Mutationen und einer düsteren Atmosphäre. Kakugo und Harara begegnen auf ihrem Weg zahlreichen Feinden, darunter mutierte Monster und menschliche Gegner, die von der Dynastie kontrolliert werden. Die OVA zeigt explizite Gewalt und düstere Themen, die die verzweifelte Situation der Welt und die moralischen Abgründe der Charaktere verdeutlichen. Die Geschichte endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die fortwährende Bedrohung durch die Dynastie unterstreicht.