Die zweite Staffel von "Baki" setzt die Geschichte des jungen Kampfsportlers Baki Hanma fort, der sich weiterhin darauf konzentriert, der stärkste Kämpfer der Welt zu werden. Nachdem er im ersten Teil bereits zahlreiche Herausforderungen bestanden hat, steht er nun vor einer neuen Bedrohung: fünf gefährliche Todestraktinsassen, die als die "Fünf Todeskandidaten" bekannt sind, wurden aus dem Gefängnis entlassen, um gegen die stärksten Kämpfer der Welt anzutreten. Diese Insassen, darunter Speck, Dorian, Sikorsky, Doyle und Yanagi, sind nicht nur körperlich überlegen, sondern auch skrupellos und bereit, jeden zu töten, der sich ihnen in den Weg stellt.

Baki wird in diesen Konflikt hineingezogen, als die Todeskandidaten gezielt die stärksten Kämpfer Japans herausfordern, um ihre Überlegenheit zu demonstrieren. Dabei kommt es zu einer Reihe brutaler und intensiver Kämpfe, in denen Baki und seine Verbündeten, darunter sein Freund Kaoru Hanayama und sein Rivale Gouki Shibukawa, ihr Können unter Beweis stellen müssen. Gleichzeitig wird die komplexe Beziehung zwischen Baki und seinem Vater, Yuujirou Hanma, dem stärksten Lebewesen der Welt, weiter thematisiert. Yuujirou bleibt eine ständige Bedrohung und ein übergeordnetes Ziel für Baki, der seinen Vater eines Tages besiegen will.

Die Handlung konzentriert sich stark auf die Kämpfe und die Entwicklung der Charaktere, wobei jeder der Todeskandidaten eine einzigartige Kampftechnik und Hintergrundgeschichte besitzt. Die Kämpfe sind geprägt von brutaler Gewalt, strategischem Denken und der Darstellung menschlicher Grenzen. Neben den physischen Auseinandersetzungen werden auch Themen wie Ehre, Rache und die Suche nach Stärke behandelt. Die zweite Staffel baut auf den etablierten Charakteren und Konflikten auf und erweitert das Universum um neue, bedrohliche Gegner, die die Fähigkeiten der Protagonisten auf die Probe stellen.