"Godzilla: City on the Edge of Battle" ist der zweite Teil der Anime-Trilogie, die im Rahmen des "Godzilla: Planet of the Monsters"-Universums spielt. Die Handlung setzt direkt nach den Ereignissen des ersten Films ein, in dem die Menschheit nach einer langen Abwesenheit auf die Erde zurückkehrt, nur um festzustellen, dass der Planet nun von Godzilla und anderen Kreaturen dominiert wird.

Die überlebenden Menschen, angeführt von Captain Haruo Sakaki, schließen sich mit den Exif, einer außerirdischen Rasse, zusammen, um Godzilla endgültig zu besiegen. Sie entdecken eine geheimnisvolle Stadt, die von Nanometall konstruiert wurde, einem intelligenten Material, das sich selbst reparieren und anpassen kann. Diese Stadt, bekannt als Mechagodzilla City, wurde vor 20.000 Jahren von einer früheren menschlichen Zivilisation erbaut, um gegen Godzilla zu kämpfen. Die Hoffnung der Überlebenden liegt nun darin, die Technologie der Stadt zu nutzen, um einen neuen Mechagodzilla zu erschaffen und den titanischen Feind zu vernichten.

Während die Gruppe versucht, die Kontrolle über die Stadt zu erlangen, kommt es zu Spannungen zwischen den Menschen und den Exif, die eigene Pläne verfolgen. Haruo Sakaki, getrieben von seinem tiefen Hass auf Godzilla, ist bereit, jedes Risiko einzugehen, um den Kampf zu gewinnen. Dabei wird er jedoch mit moralischen Dilemmata konfrontiert, insbesondere als klar wird, dass die Nutzung der Nanometall-Technologie unvorhersehbare Konsequenzen haben könnte.

Die Handlung erforscht Themen wie Rache, Technologieabhängigkeit und die ethischen Grenzen des Überlebens. Die Charaktere, insbesondere Haruo, werden vor schwierige Entscheidungen gestellt, die ihre Loyalität und Menschlichkeit auf die Probe stellen. Der Film endet mit einem dramatischen Höhepunkt, der die Zukunft der Menschheit und ihren Kampf gegen Godzilla in eine ungewisse Richtung lenkt.