"Sword Art Online Fatal Bullet -The Third Episode-" ist ein TV-Special, das auf dem gleichnamigen Spiel "Sword Art Online: Fatal Bullet" basiert und in das Universum der "Sword Art Online"-Reihe eingebettet ist. Die Handlung spielt in der virtuellen Welt von "Gun Gale Online" (GGO), einem dystopischen, von Schusswaffen dominierten MMORPG. Der Protagonist Kirito, bekannt aus früheren "Sword Art Online"-Geschichten, betritt erneut diese Welt, diesmal jedoch in Begleitung eines neuen Charakters namens Itsuki. Itsuki ist ein Spieler, der sich auf die Suche nach einem legendären Item, dem "Fatal Bullet", macht, das angeblich die Macht besitzt, das Spiel zu verändern.

Die Geschichte beginnt mit Itsuki, der Kirito um Hilfe bittet, um das "Fatal Bullet" zu finden. Itsuki hat persönliche Gründe für seine Mission, da er glaubt, dass das Item ihm helfen kann, eine verlorene Freundin wiederzufinden. Kirito, der bereits Erfahrung mit den Gefahren virtueller Welten hat, stimmt zu, Itsuki zu unterstützen. Zusammen mit weiteren bekannten Charakteren wie Asuna, Sinon und Leafa begeben sie sich auf eine gefährliche Reise durch die gefährlichen Gebiete von GGO.

Während ihrer Suche stoßen sie auf zahlreiche Hindernisse, darunter mächtige Gegner und komplexe Rätsel, die gelöst werden müssen, um das "Fatal Bullet" zu erreichen. Die Handlung vertieft sich in die Dynamik zwischen den Charakteren, insbesondere in die Beziehung zwischen Itsuki und Kirito, die von Misstrauen und Zusammenarbeit geprägt ist. Itsukis Motivation wird im Laufe der Geschichte weiter enthüllt, was seine Handlungen und Entscheidungen beeinflusst.

Ein zentrales Thema des Specials ist die Frage nach der Bedeutung von virtuellen Beziehungen und Erinnerungen. Itsukis Suche nach dem "Fatal Bullet" symbolisiert den Wunsch, vergangene Fehler zu korrigieren und verlorene Verbindungen wiederherzustellen. Gleichzeitig wird die Grenze zwischen Realität und Virtualität thematisiert, ein wiederkehrendes Motiv in der "Sword Art Online"-Reihe.

Die Handlung gipfelt in einem intensiven Finale, in dem die Charaktere ihre Fähigkeiten und ihren Zusammenhalt unter Beweis stellen müssen, um das "Fatal Bullet" zu erreichen und Itsukis Mission zu erfüllen. Das Special endet mit einer Reflexion über die Konsequenzen ihrer Handlungen und die Bedeutung von Freundschaft und Entschlossenheit in einer Welt, die sowohl real als auch virtuell ist.