Die dritte Staffel von "My Hero Academia" setzt die Handlung der vorherigen Staffeln fort und vertieft die Entwicklung der Charaktere sowie die Konflikte in einer Welt, in der Superkräfte, genannt "Quirks", allgegenwärtig sind. Die Staffel beginnt mit dem Abschluss des U.A.-Sportfestivals, bei dem die Schüler der U.A.-Highschool ihre Fähigkeiten unter Beweis stellen. Im Mittelpunkt steht Izuku Midoriya, auch bekannt als Deku, ein Schüler ohne angeborene Quirk, der jedoch die Kraft "One For All" von seinem Idol All Might geerbt hat.

Nach dem Sportfestival wird die Klasse 1-A mit neuen Herausforderungen konfrontiert. Die Schüler absolvieren ein Praktikum bei verschiedenen Pro-Helden, um praktische Erfahrungen zu sammeln. Während dieser Zeit gerät Deku in einen Konflikt mit dem Schurken Stain, einem gefährlichen Verbrecher, der eine radikale Ideologie vertritt und nur bestimmte Helden als würdig erachtet. Stain stellt eine Bedrohung für die Gesellschaft dar und zwingt Deku und seine Klassenkameraden, ihre Fähigkeiten und ihren Mut unter Beweis zu stellen.

Parallel dazu spitzt sich die Bedrohung durch die Liga der Schurken zu, eine Organisation, die die bestehende Gesellschaftsordnung stürzen will. Die Liga gewinnt an Stärke und rekrutiert neue Mitglieder, darunter den mächtigen Schurken All For One, den Erzfeind von All Might. Die Konfrontation zwischen All Might und All For One bildet einen Höhepunkt der Staffel und hat weitreichende Konsequenzen für die Heldenwelt. All Might, der Symbol des Friedens, wird gezwungen, sich zurückzuziehen, was eine Lücke in der Gesellschaft hinterlässt.

Die Staffel thematisiert auch die persönlichen Entwicklungen der Schüler. Shoto Todoroki setzt sich weiterhin mit seinem schwierigen Verhältnis zu seinem Vater, dem Pro-Helden Endeavor, auseinander. Katsuki Bakugo, Dekus Rivale, zeigt Anzeichen von Wachstum, bleibt aber weiterhin ein komplexer und impulsiver Charakter. Die Dynamik zwischen den Schülern wird durch gemeinsame Herausforderungen und Konflikte weiter vertieft.

Ein weiterer zentraler Handlungsstrang ist die Einführung des "Provisional Hero License Exam", einer Prüfung, die die Schüler bestehen müssen, um vorläufige Lizenzen als Helden zu erhalten. Die Prüfung stellt die Schüler vor moralische und praktische Dilemmata und testet ihre Fähigkeiten unter realistischen Bedingungen. Dabei treten sie gegen Schüler anderer Schulen an, was zu spannenden und intensiven Auseinandersetzungen führt.

Die dritte Staffel von "My Hero Academia" kombiniert actionreiche Szenen mit tiefgreifenden Charakterstudien und thematisiert Themen wie Verantwortung, Heldentum und die Komplexität von Gut und Böse. Die Handlung legt den Grundstein für zukünftige Konflikte und Entwicklungen, während sie gleichzeitig die Beziehungen zwischen den Charakteren weiter ausbaut.