Die zweite Staffel von "Yo-kai Watch" setzt die Abenteuer von Nate Adams und seinem Yo-kai-Partner Jibanyan fort. Nate, ein gewöhnlicher Junge, besitzt die Fähigkeit, Yo-kai zu sehen, mystische Wesen, die oft für unerklärliche Phänomene im Alltag verantwortlich sind. Mit Hilfe der Yo-kai-Uhr kann er diese Wesen beschwören und ihre Kräfte nutzen, um Probleme zu lösen oder anderen zu helfen. In dieser Staffel vertieft sich die Beziehung zwischen Nate und den Yo-kai, während er weiterhin neue Yo-kai kennenlernt und sich mit ihren einzigartigen Fähigkeiten auseinandersetzt.

Die Handlung der zweiten Staffel ist episodisch aufgebaut, wobei jede Folge ein neues Abenteuer oder Problem präsentiert, das durch die Einmischung von Yo-kai entsteht. Nate und seine Freunde, darunter Katie und Bear, arbeiten oft zusammen, um die Situationen zu bewältigen. Dabei treffen sie auf eine Vielzahl von Yo-kai, sowohl freundliche als auch solche, die Chaos stiften. Einige der neuen Yo-kai, die in dieser Staffel eingeführt werden, spielen eine wichtige Rolle, wie zum Beispiel Whisper, ein gelehriger und oft übervorsichtiger Yo-kai, der Nate als Berater zur Seite steht.

Ein wiederkehrendes Thema in dieser Staffel ist die Entwicklung von Nates Verständnis für die Yo-kai-Welt. Er lernt, dass nicht alle Yo-kai böse Absichten haben und dass viele von ihnen einfach nur missverstanden werden. Gleichzeitig wird die Dynamik zwischen den menschlichen Charakteren und den Yo-kai weiter ausgebaut, wobei humorvolle und herzerwärmende Momente im Vordergrund stehen. Die Staffel enthält auch einige längere Handlungsstränge, die sich über mehrere Folgen erstrecken und tiefer in die Mythologie der Yo-kai-Welt eintauchen.

Insgesamt bietet die zweite Staffel von "Yo-kai Watch" eine Mischung aus humorvollen, abenteuerlichen und manchmal auch emotionalen Geschichten, die sowohl neue als auch etablierte Charaktere weiterentwickeln. Die episodische Struktur ermöglicht es den Zuschauern, in jede Folge einzutauchen, ohne vorherige Kenntnisse der Serie zu benötigen, während die übergeordneten Handlungsstränge eine kontinuierliche Entwicklung der Charaktere und der Welt gewährleisten.