"Charlotte" ist eine Anime-Serie, die in einer Welt spielt, in der einige Jugendliche während der Pubertät übernatürliche Fähigkeiten entwickeln. Diese Kräfte sind jedoch nur vorübergehend und verschwinden, sobald die Träger das Erwachsenenalter erreichen. Die Handlung konzentriert sich auf Yuu Otosaka, einen scheinbar normalen Schüler, der die Fähigkeit besitzt, für fünf Sekunden den Körper einer anderen Person zu übernehmen. Yuu nutzt diese Fähigkeit, um in Prüfungen zu schummeln und ein sorgenfreies Schulleben zu führen. Seine Pläne werden jedoch durchdacht, als er von Nao Tomori, einer Schülerin der Hoshinoumi Academy, entlarvt wird. Nao ist Mitglied des Schülerrats und hat die Aufgabe, Jugendliche mit übernatürlichen Fähigkeiten zu finden und zu schützen.

Yuu wird gezwungen, der Hoshinoumi Academy beizutreten, wo er auf weitere Schüler mit besonderen Fähigkeiten trifft. Dazu gehören Jojiro Takajo, der sich für kurze Zeit unsichtbar machen kann, und Yusa Nishimori, die mit dem Geist ihrer verstorbenen Schwester kommunizieren kann. Gemeinsam arbeiten sie daran, andere Jugendliche mit gefährlichen oder unkontrollierten Fähigkeiten zu finden und zu unterstützen. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Fähigkeiten nicht nur Segen, sondern auch Fluch sein können, da sie oft mit persönlichen Tragödien und emotionalen Belastungen verbunden sind.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als Yuu erfährt, dass seine Schwester Ayumi, die ebenfalls übernatürliche Fähigkeiten besitzt, in Gefahr ist. Ayumi hat die Fähigkeit, sich selbst zu heilen, was sie zum Ziel von Organisationen macht, die die Kräfte der Jugendlichen für ihre eigenen Zwecke ausnutzen wollen. Yuu muss seine eigenen Fähigkeiten weiterentwickeln, um seine Schwester zu retten und die Machenschaften dieser Organisationen zu durchkreuzen. Dabei wird er mit den dunklen Seiten der menschlichen Natur konfrontiert und muss sich mit den moralischen Konsequenzen seiner Handlungen auseinandersetzen.

Die Serie thematisiert neben den übernatürlichen Elementen auch Themen wie Verlust, Verantwortung und das Erwachsenwerden. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Handlung weiter, insbesondere Yuu, der von einem egoistischen Jugendlichen zu einem verantwortungsbewussten Beschützer wird. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und werden durch ihre gemeinsamen Erfahrungen und Herausforderungen vertieft. "Charlotte" verbindet Action, Drama und emotionale Tiefe zu einer vielschichtigen Erzählung, die sowohl unterhaltsam als auch nachdenklich stimmt.