"Das Imperium der Leichen" ist ein Anime-Film, der in einem alternativen 19. Jahrhundert spielt, in dem die Wissenschaft die Wiederbelebung von Leichen ermöglicht hat. Diese wiederbelebten Wesen, sogenannte "Kadaver", werden als Arbeitskräfte eingesetzt, doch ihre Seelen bleiben verloren. Die Handlung dreht sich um John Watson, einen jungen Medizinstudenten, der versucht, die Seele seines verstorbenen Freundes Friday zurückzubringen. Nachdem er bei illegalen Experimenten erwischt wurde, wird Watson gezwungen, für die britische Regierung zu arbeiten. Seine Mission ist es, die geheimen Aufzeichnungen von Victor Frankenstein zu finden, die angeblich den Schlüssel zur vollständigen Wiederbelebung von Leichen enthalten.

Watson begibt sich auf eine gefährliche Reise, die ihn von London nach Afghanistan und schließlich nach Japan führt. Dabei trifft er auf verschiedene Charaktere, darunter Hadaly Lilith, eine mysteriöse Frau, die von einer Kreatur namens "The One" begleitet wird, sowie Nikolai Krasotkin, einen russischen Agenten mit eigenen Motiven. Die Suche nach Frankensteins Aufzeichnungen führt die Gruppe in Konflikte mit rivalisierenden Mächten, die ebenfalls nach der Technologie streben, um ihre eigenen Ziele zu erreichen.

Im Laufe der Geschichte werden ethische Fragen zur Nutzung von Kadavers und die Grenzen der Wissenschaft thematisiert. Watsons persönliche Motivation, Friday wiederzubeleben, steht im Kontrast zu den politischen und militärischen Interessen der verschiedenen Nationen. Der Film endet mit einer dramatischen Konfrontation, in der die wahren Absichten hinter der Suche nach Frankensteins Geheimnis enthüllt werden, während Watson mit den Konsequenzen seiner Handlungen konfrontiert wird. Die Handlung bleibt offen für Interpretationen, insbesondere in Bezug auf die Natur der Seele und die moralischen Implikationen der Wiederbelebung.