"DNA²" ist eine Anime-Serie, die auf dem gleichnamigen Manga von Masakazu Katsura basiert. Die Handlung spielt in einer Zukunft, in der die Überbevölkerung ein ernstes Problem darstellt. Um dies zu lösen, wurde ein genetischer Code entwickelt, der die Fortpflanzungsfähigkeit der Menschen reduziert. Einige Individuen, sogenannte "Mega-Playboys", besitzen jedoch eine Mutation, die sie dazu befähigt, durch bloße Berührung Frauen schwanger zu machen. Diese Mutation stellt eine Bedrohung für die Bevölkerungskontrolle dar.

Die Protagonistin Ami Kurimoto, eine Agentin aus der Zukunft, wird in die Gegenwart geschickt, um den jungen Junta Momonari zu finden, von dem angenommen wird, dass er der Ursprung der Mega-Playboy-Mutation ist. Ihr Auftrag ist es, Junta zu neutralisieren, bevor er seine Fähigkeiten entwickelt. Allerdings stellt sich heraus, dass Junta in der Gegenwart ein schüchterner und zurückhaltender Teenager ist, der unter einer schweren Phobie leidet, die ihn unfähig macht, mit Frauen zu interagieren.

Ami versucht, Junta zu beobachten und zu beeinflussen, um sicherzustellen, dass er sich nicht in einen Mega-Playboy verwandelt. Dabei verwendet sie spezielle Pillen, die seine DNA beeinflussen sollen. Durch eine Reihe von Missgeschicken und unvorhergesehenen Ereignissen wird Junta jedoch versehentlich in einen Mega-Playboy verwandelt, was zu chaotischen und oft komischen Situationen führt. Seine neue Persönlichkeit zieht zahlreiche Frauen an, was Amis Mission zunehmend erschwert.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Zukunft, aus der Ami stammt, nicht so unvermeidlich ist, wie sie zunächst angenommen hatte. Junta entwickelt sich von einem schüchternen Jungen zu einer komplexeren Figur, die mit seiner neuen Identität und den daraus resultierenden Konsequenzen kämpft. Gleichzeitig wird Ami mit ihren eigenen Gefühlen und der Moral ihrer Mission konfrontiert, insbesondere als sie beginnt, Junta näher kennenzulernen.

Weitere Charaktere wie Ryoko Sugashita, Junta's langjährige Freundin, und Kotomi, eine mysteriöse Frau mit Verbindungen zu Junta's Vergangenheit, spielen wichtige Rollen in der Entwicklung der Handlung. Die Serie thematisiert Themen wie Schicksal, Identität und die ethischen Implikationen von genetischer Manipulation, während sie eine Mischung aus Comedy, Romantik und Science-Fiction präsentiert.

Die Handlung von "DNA²" ist geprägt von Wendungen und Konflikten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen und die moralischen Dilemmata ihrer Situationen hervorheben. Die Serie endet mit einer Auflösung, die sowohl die persönlichen als auch die gesellschaftlichen Konsequenzen der Handlungen der Charaktere beleuchtet.