"Neo Angelique Abyss -Second Age-" ist eine Anime-Serie, die in einer fantastischen Welt angesiedelt ist, die von einer mysteriösen Bedrohung namens Thanatos heimgesucht wird. Diese Kreaturen bedrohen das Leben der Menschen und verursachen Chaos. Die Handlung dreht sich um Angelique, ein junges Mädchen, das als sogenannte "Ark" identifiziert wird – eine Person mit der seltenen Fähigkeit, die Thanatos zu bekämpfen. Angelique wird in die Akademie gebracht, um ihre Kräfte zu entwickeln und die Welt zu schützen.

Im Zentrum der Geschichte stehen die Beziehungen zwischen Angelique und ihren Begleitern, die ebenfalls gegen die Thanatos kämpfen. Zu diesen Begleitern gehören Nyx, ein ruhiger und erfahrener Kämpfer, Rayne, ein charismatischer und optimistischer junger Mann, sowie Bernard, ein ernster und disziplinierter Krieger. Zusammen bilden sie ein Team, das sich den Thanatos entgegenstellt und versucht, die Ursache ihrer Existenz zu ergründen.

Die Serie thematisiert nicht nur die Kämpfe gegen die Thanatos, sondern auch die persönlichen Konflikte und Entwicklungen der Charaktere. Angelique muss lernen, mit ihrer neuen Rolle als Ark umzugehen und gleichzeitig ihre eigenen Ängste und Zweifel zu überwinden. Die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen sich im Laufe der Serie, und es werden Themen wie Verantwortung, Freundschaft und Opferbereitschaft behandelt.

Die Handlung ist in mehrere Bögen unterteilt, die sowohl episodische Abenteuer als auch eine übergeordnete Handlung umfassen. Dabei wird die Welt nach und nach erkundet, und es werden Hinweise auf die wahre Natur der Thanatos und ihre Verbindung zur Vergangenheit der Charaktere enthüllt. Die Serie kombiniert Action, Drama und emotionale Momente, während sie die Charaktere in gefährliche Situationen führt und ihre Entschlossenheit testet.