"Xam'd: Lost Memories" spielt in einer Welt, die von Konflikten zwischen verschiedenen Fraktionen geprägt ist. Die Handlung beginnt auf der Insel Sentan, einem abgeschiedenen Ort, der von den politischen und militärischen Spannungen der umliegenden Regionen weitgehend unberührt scheint. Der Protagonist Akiyuki Takehara lebt ein scheinbar normales Leben, bis ein mysteriöser Angriff die Insel erschüttert. Während des Angriffs wird Akiyuki von einer seltsamen Kreatur, einem sogenannten "Humanform", infiziert. Diese Infektion verwandelt ihn in ein mächtiges Wesen namens Xam'd, das über immense Kräfte verfügt, aber auch eine Bedrohung für seine eigene Existenz darstellt.

Akiyuki wird von einer geheimnisvollen Frau namens Furuichi gerettet, die ihn auf ein Luftschiff namens Zanbani bringt. Dort trifft er auf eine Gruppe von Reisenden, darunter die Pilotin Haru und den mysteriösen Nakiami, die ihm helfen, seine neue Identität als Xam'd zu verstehen und zu kontrollieren. Die Reise führt Akiyuki durch verschiedene Regionen, in denen er mit den Auswirkungen des Krieges, den Geheimnissen der Humanforms und den politischen Machenschaften der Regierung konfrontiert wird.

Parallel dazu wird die Geschichte von Akiyukis Freundin Haru erzählt, die auf Sentan zurückbleibt und versucht, das Rätsel um Akiyukis Verschwinden zu lösen. Harus Suche führt sie in die Tiefen der politischen und militärischen Konflikte, die die Welt erschüttern. Ihre Perspektive bietet Einblicke in die sozialen und politischen Strukturen, die die Handlung vorantreiben.

Die Handlung von "Xam'd: Lost Memories" ist geprägt von Themen wie Identität, Verlust und den Auswirkungen von Krieg auf Individuen und Gesellschaften. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Ängsten und Schwächen auseinandersetzen, während sie in einer Welt voller Ungewissheit und Gefahr navigieren. Die Beziehungen zwischen den Figuren, insbesondere zwischen Akiyuki, Haru und Nakiami, spielen eine zentrale Rolle und tragen zur emotionalen Tiefe der Geschichte bei.

Die Serie verbindet Elemente von Science-Fiction, Fantasy und Drama, um eine komplexe und vielschichtige Erzählung zu schaffen, die sowohl actionreiche Szenen als auch nachdenkliche Momente bietet. Die Handlung entwickelt sich kontinuierlich weiter, wobei neue Geheimnisse und Konflikte die Charaktere und ihre Beziehungen zueinander prägen.