"Zakuro" spielt in einer alternativen Version des Japans während der Meiji-Ära, in der Menschen und Geisterwesen, sogenannte Youkai, nebeneinander existieren. Die Regierung gründet ein spezielles Ministerium, das die Beziehungen zwischen Menschen und Youkai regeln soll. Dieses Ministerium beschäftigt sowohl menschliche Offiziere als auch halb-Youkai-Mädchen, die über besondere Fähigkeiten verfügen. Die Handlung konzentriert sich auf die Zusammenarbeit zwischen den Offizieren Agemaki Kei, Hanadate Riken, Ganryu Hanakiri und den halb-Youkai-Mädchen Zakuro, Susukihotaru, Bonbori und Hozuki.

Zakuro, die titelgebende Protagonistin, ist eine halb-Youkai mit der Fähigkeit, Geister zu sehen und mit ihnen zu kommunizieren. Sie wird Agemaki zugeteilt, einem jungen Offizier, der eine Abneigung gegen Youkai hat, aber im Laufe der Serie seine Vorurteile überwindet. Susukihotaru, ein lebhaftes und energisches Mädchen, arbeitet mit Hanadate zusammen, während Bonbori und Hozuki, die Zwillinge, mit Ganryu kooperieren. Die Serie folgt ihren gemeinsamen Missionen, bei denen sie mysteriöse Vorfälle untersuchen, die oft mit Geistern oder übernatürlichen Phänomenen zusammenhängen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus episodischen Abenteuern und einer übergeordneten Erzählung, die die Beziehungen zwischen den Charakteren und die gesellschaftlichen Spannungen zwischen Menschen und Youkai erforscht. Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der halb-Youkai-Mädchen und ihre Verbindungen zur Geisterwelt näher beleuchtet. Gleichzeitig wird die zunehmende Bedrohung durch dunkle Kräfte deutlich, die das fragile Gleichgewicht zwischen den Welten zu zerstören drohen.

Themen wie Vorurteile, Akzeptanz und die Suche nach Identität werden durch die Interaktionen der Charaktere und ihre persönlichen Entwicklungen behandelt. Die Beziehung zwischen Zakuro und Agemaki steht dabei im Mittelpunkt, da beide lernen, ihre Unterschiede zu überwinden und sich gegenseitig zu unterstützen. Die Serie verbindet Elemente des Übernatürlichen, historische Settings und emotionale Tiefe, um eine vielschichtige Geschichte zu erzählen, die sowohl spannend als auch nachdenklich ist.