Die OVA von "Hunter X Hunter" setzt die Handlung der originalen Serie fort und vertieft die Abenteuer von Gon Freecss und seinen Freunden. Nachdem Gon den Hunter-Exam erfolgreich bestanden hat, begibt er sich auf die Suche nach seinem Vater, Ging Freecss, einem legendären Hunter. Dabei wird er von seinen Gefährten Killua Zoldyck, Kurapika und Leorio Paradinight begleitet. Die OVA besteht aus mehreren Teilen, die unterschiedliche Handlungsstränge verfolgen.

Im ersten Teil, "Hunter X Hunter: Genei Ryodan-hen" (Phantom Troupe Arc), steht die Konfrontation mit dem Phantom Troupe, einer gefährlichen Gruppe von Dieben und Mördern, im Mittelpunkt. Kurapika, dessen Clan vom Phantom Troupe ausgelöscht wurde, hat es sich zur Aufgabe gemacht, Rache zu üben. Dabei nutzt er seine speziellen Fähigkeiten, die er durch das Nen-System erlangt hat, um die Mitglieder des Trupps zu bekämpfen. Gon und Killua unterstützen ihn, während sie gleichzeitig ihre eigenen Fähigkeiten weiterentwickeln.

Der zweite Teil, "Hunter X Hunter: Greed Island-hen", führt die Charaktere in ein mysteriöses Videospiel namens Greed Island, das von Ging Freecss erschaffen wurde. Das Spiel ist eine gefährliche, aber realitätsnahe Welt, in der die Spieler mithilfe von Karten und speziellen Regeln um ihr Überleben kämpfen müssen. Gon und Killua betreten das Spiel, um Hinweise auf Gings Aufenthaltsort zu finden, und treffen dabei auf neue Verbündete und Gegner. Sie lernen, ihre Nen-Fähigkeiten weiter zu verfeinern und sich den Herausforderungen des Spiels zu stellen.

Im dritten Teil, "Hunter X Hunter: G.I Final-hen", erreichen Gon und Killua das Finale von Greed Island. Sie müssen sich gegen mächtige Gegner behaupten und die letzten Geheimnisse des Spiels lüften, um das ultimative Ziel zu erreichen: die Karte, die sie zu Ging führen soll. Dabei werden sie mit moralischen Dilemmata und persönlichen Herausforderungen konfrontiert, die ihre Entschlossenheit und Freundschaft auf die Probe stellen.

Die OVA erweitert die Charakterentwicklung der Hauptfiguren, insbesondere von Gon und Killua, die sich von naiven Kindern zu erfahrenen und fähigen Jägern entwickeln. Die Handlung ist geprägt von strategischen Kämpfen, komplexen Beziehungen und der Erkundung der Nen-Fähigkeiten, die eine zentrale Rolle in der Welt der Hunter spielen. Die OVA bietet eine nahtlose Fortsetzung der originalen Serie und vertieft die bereits etablierte Mythologie und Welt von "Hunter X Hunter".