Die OVA "Ar Tonelico" basiert auf dem gleichnamigen Rollenspiel und spielt in einer futuristischen Welt, in der die Menschheit auf schwebenden Plattformen über einer zerstörten Erde lebt. Die Handlung konzentriert sich auf die Beziehung zwischen den Menschen und den Reyvateils, künstlich geschaffenen Wesen, die mithilfe von Liedern mächtige Magie wirken können. Die Geschichte beginnt in der schwebenden Stadt Sol Ciel, wo der Protagonist Lyner Barsett, ein junger Ritter, den Auftrag erhält, eine Reyvateil namens Aurica Nestmile zu beschützen. Aurica ist eine der wenigen Reyvateils, die in der Lage sind, die mächtige Hymne "EXEC_PHANTASMAGORIA" zu singen, die für das Überleben der Stadt von entscheidender Bedeutung ist.

Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass die Reyvateils nicht nur Werkzeuge sind, sondern eigene Gefühle und Persönlichkeiten besitzen. Lyner entwickelt eine enge Bindung zu Aurica, während er gleichzeitig mit den moralischen und ethischen Fragen konfrontiert wird, die sich aus der Schöpfung und Nutzung der Reyvateils ergeben. Die OVA beleuchtet auch die politischen Spannungen zwischen den verschiedenen schwebenden Städten, insbesondere zwischen Sol Ciel und der rivalisierenden Stadt Metafalica. Diese Konflikte werden durch die begrenzten Ressourcen und die drohende Gefahr des Zusammenbruchs der schwebenden Plattformen verschärft.

Ein weiterer zentraler Charakter ist Misha Arsellec Lune, eine weitere Reyvateil, die eine komplexe Beziehung zu Lyner und Aurica hat. Misha repräsentiert eine andere Facette der Reyvateils, da sie sich ihrer Rolle als Werkzeug bewusst ist und gleichzeitig nach Freiheit und Selbstbestimmung strebt. Die Interaktionen zwischen Lyner, Aurica und Misha bilden das emotionale Kernstück der OVA, während die Handlung die größeren Themen von Technologie, Ethik und menschlicher Verantwortung erkundet.

Die OVA endet mit einem offenen Ausblick, der die fortlaufenden Herausforderungen und die ungewisse Zukunft der schwebenden Städte und ihrer Bewohner andeutet. Die Geschichte bleibt dabei eng an den mythologischen und technologischen Elementen des ursprünglichen Spiels, während sie gleichzeitig eine eigenständige Erzählung bietet, die sowohl für Fans der Serie als auch für neue Zuschauer zugänglich ist.