"Aria the Animation" spielt in der fernen Zukunft auf dem Planeten Aqua, einer terraformierten Version des Mars, der fast vollständig von Wasser bedeckt ist. Die Handlung konzentriert sich auf die Stadt Neo-Venezia, eine Nachbildung des historischen Venedig auf der Erde. Die Stadt ist bekannt für ihre Kanäle, Gondeln und ihre malerische Schönheit, die Touristen aus aller Welt anziehen. Die Serie begleitet die junge Akari Mizunashi, die als Lehrling bei der Gondelgesellschaft Aria Company arbeitet, um eine professionelle Undine (Gondelführerin) zu werden.

Akari träumt davon, eines Tages so geschickt wie ihre Mentorin Alicia Florence zu sein, eine der besten Undines der Stadt. Zusammen mit ihren Freundinnen Aika S. Granzchesta von der Himeya Company und Alice Carroll von der Orange Planet erlebt Akari alltägliche Abenteuer in Neo-Venezia. Die Serie zeigt ihre Fortschritte als Undine, ihre Begegnungen mit den Bewohnern der Stadt und ihre Entdeckungen der Schönheit und Magie, die Aqua zu bieten hat.

Die Handlung ist episodisch aufgebaut und konzentriert sich auf die kleinen, oft ruhigen Momente des Lebens in Neo-Venezia. Jede Folge beleuchtet eine neue Facette der Stadt, sei es durch die Erkundung versteckter Orte, die Begegnung mit interessanten Charakteren oder die Teilnahme an traditionellen Festen. Die Serie betont die Bedeutung von Freundschaft, Entdeckung und der Wertschätzung der einfachen Dinge im Leben.

Neben Akari, Aika und Alice spielen auch die Mentoren der drei Mädchen eine wichtige Rolle: Alicia von Aria Company, Akira E. Ferrari von Himeya Company und Athena Glory von Orange Planet. Jede von ihnen verkörpert unterschiedliche Aspekte des Undine-Daseins und bietet den Lehrlingen sowohl Unterstützung als auch Herausforderungen. Die Serie zeichnet sich durch ihre entspannte Atmosphäre und ihre Betonung auf Charakterentwicklung und Weltbau aus, wobei sie eine idyllische und friedliche Version der Zukunft präsentiert.